DERS BİLGİLERİ
Ders Kodu Yarıyıl Ders Süresi Kredi AKTS
Bitki ve Patojenlerin Genom Analizleri BK   584 1 2 3 6

Ön Koşul Dersleri
Ders Hakkında Önerilen Diğer Hususlar None

Dersin Dili Türkçe
Dersin Seviyesi Doktora
Dersin Türü Seçmeli
Dersin Koordinatörü Prof.Dr. Mukaddes KAYIM
Dersi Verenler
 
Dersin Yardımcıları
Dersin Amacı
Bitkilerde patojenle ilişkili genlerin yapılarını incelemek, patojenlerin nükleotid dizilerine göre sınıflandırılması, Patojenleri teşhis etmek için serolojik yöntemler geliştirmede protein gen dizilerini belirlemek, bitki ve patojenlerin genetik soy ağaçlarını oluşturmak
Dersin İçeriği
Bitkilerdeki dayanıklılık ile ilişkili genlerin biyoinformatik analizlerle belirlenmesi, genlerin nükleotid dizileri, organizasyonu, patojenlerin genom yapıları ve nükleotid dizileri, protein motifleri, nukleotid dizilerine göre soy ağaçları

Dersin Öğrenme Kazanımları
1) Soy ağacı nedir, bir soy ağacının nasıl tahmin edildiğini öğrenir
2) Neden patojenler için soy ağacı oluşturulduğunu öğrenir
3) Bitki ve patojen genlerinin çalışılmasında format kullanmayı öğrenir
4) Dizileri hizalamada kullanılan metodları ve yazılım programlarını kullanmayı öğrenir
5) Filogenetik ağaçları tahmin etmede ana yöntemleri kullanmayı öğrenir
6) Filogenetik ağaçları oluşturmada karşılaşılan sorunları nasıl çözüleceğini öğrenir
7) Dizileri çoklu karşılaştırmada kullanılan yöntemleri öğrenir
8) Komşu ağaçların birleştirilmesi, Parsimony, Maksimum olabilirlik, BayBayes kullanarak ağaçların bayesci çıkarımını öğrenir
9) Filogenetik ağaçların çizilme şeklini detayları ile öğrenir
10) Learns how to reconstructing ancestral sequences
11) Learns detecting adaptive evolution
12) Benzer genleri araştırmak için veritabanı kullanımını öğrenir
13) Protein yapısını ve dizilerini sınıflandırmak için kullanılan terimleri öğrenir
14) Mevcut hizalama modellerini ve proteinler için veri tabanını öğrenir
15) Örrneklerle soy ağaçları oluşturmayı öğrenir