DERS BİLGİLERİ
Ders Kodu Yarıyıl Ders Süresi Kredi AKTS
Moleküler Filogenetik Analizler BK   034 2 2 3 6

Ön Koşul Dersleri
Ders Hakkında Önerilen Diğer Hususlar None

Dersin Dili Türkçe
Dersin Seviyesi Doktora
Dersin Türü Zorunlu
Dersin Koordinatörü Prof.Dr. Serdar SATAR
Dersi Verenler
 
Dersin Yardımcıları
Dersin Amacı
Filogenetik verilerin elde edilmesi için gerekli olan alt yapının, örnekleme büyüklükleri, DNA dizileme, dizilemelerin üst üste oturtturulması, farklı programlar kullanılarak bunların analizleri (FinchTV,Mega 6.0, DnSp, Arlequin, MrBayes vb), kendi alanlarında geçerli topolojileri oluşturma yöntemleri, popülasyonlar arasındaki uzaklıklar-yakınlıklar, Gen akım oranları belirlenmesindeki önemli noktaları analiz edebilme becerisini kazandırmak dersin amacıdır.
Dersin İçeriği
DNA ve protein dizilerinin karşılaştırılmasıyla yapılan moleküler filogenetik analizler türün oluşmaya başladığı ilk atalarından günümüze kadar tüm bilgileri yansıtmalarından dolayı, evrimsel süreçlerin dahil olduğu moleküler biyoloji, türlerin evrimsel ilişkileri gibi moleküler evrim oranlarının hesaplanmasını sağlamakta ve bu süreçleri bizim daha iyi anlamamıza yardımcı olmaktadır. Filogenetik çalışmalar veya çıkarımlar moleküler seviyede yapılan pek çok çalışmanın rutini haline gelmiştir. Yoğun bilgi ve istatistiksel karmaşıklar ve farklı metotların uygulandığı moleküler filogenitik analizler, doğru bir şekilde uygulanmaz ise hatalı evrimsel hipotezlerin ortaya çıkmasına sebep olabilecektir. Bu nedenlerle verilmesi planlanan Moleküler filogenetik analizler dersinde filogenetik verilerin elde edilmesi dersin içeriğidir.

Dersin Öğrenme Kazanımları
1) DNA dizilme ve NBCI'da blast
2) Moleküler genetikte kullanılan programların öğrenilmesi
3) Program çıktılarının yorumlanması
4)
5)
6)
7)
8)
9)
10)
11)
12)
13)
14)
15)


DERSİN PROGRAM KAZANIMLARINA KATKISI
NoTemel öğrenme KazanımlarıKatkı Düzeyi
12345

DERS AKIŞI
HaftaKonularÖn Hazırlık Yöntem
1 Moleküler flogenetike giriş Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
2 NCBI verilerin elde edilmesi Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
3 Sekansın temizlenmesi ve allign I Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
4 Sekansın temizlenmesi ve allign I Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
5 Sekansın temizlenmesi ve allign III Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
6 Popülasyon genetiği verilerinin hesaplanması I Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
7 Popülasyon genetiği verilerinin hesaplanması II Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
8 Ara Sınav Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
9 Popülasyon genetiği verilerinin hesaplanması III Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
10 AMOVO-Moleküler varyansın hesaplanması Arlequin Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
11 Filogenetik Ağaçlar I Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
12 Filogenetik Ağaçlar II Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
13 Filogenetik Ağaçlar III Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
14 Filogenetik Ağaçlar IV Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
15 Filogenetik ağaçların evrimsel yorumlanması Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması
16-17 Yarıyıl Sonu Sınavları Konu ile ilgili kaynakların ve kitapların okunması

KAYNAKLAR
Ders Notu
Diğer Kaynaklar