TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | CEN410 |
| Ad | Computational Biology and Advanced Topics |
| Yarıyıl | 8. Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 3-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | İngilizce |
| Seviye | Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Yılmaz ATAY |
Dersin Amacı
Protein dizilimleri ve diğer kompleks biyolojik sistemlerin bilgisayar tabanlı yöntemlerle analizinin yapılabilmesi
Dersin İçeriği
Temel Biyoloji, Dizilimlerin Eldesi, Dizilimlerin Hizalanması, Motiflerin Bulunması, Dinamik Programlama ile Hizalama,Moleküler Bilgisayarlar, Kompleks Biolojik Sistemlerin Analizine Giriş
Dersin Ön Koşulu
Kaynaklar
Notlar
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Protein dizilimlerini kavramak |
| ÖÇ02 | Dizilimlerin analizi için gerekli yöntemlerin kavranması |
| ÖÇ03 | Dizilimlerdeki motiflerin elde edilebilmesi |
| ÖÇ04 | Kompleks biyolojik sistemlerin analizi için kullanılabilecek yöntemlerin kavranması |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | 1. Matematik, fen bilimleri ve bilgisayarla ilgili mühendislik konularında yeterli altyapıya sahip olma; bu alanlardaki kuramsal bilgileri beraber kullanabilme | 1 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | 2. Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analitik yöntemler ve modelleme tekniklerini seçme ve uygulama | 1 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | 3. Karmaşık bir sistemi, sistem bileşenini ya da süreci analiz etme ve istenen gereksinimleri karşılamak üzere gerçekçi kısıtlar altında tasarlama becerisi; bu doğrultuda modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi | 1 |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | 4. Mühendislik uygulamaları için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin kullanma becerisi | 1 |
| PÖÇ05 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | 5. Karmaşık bilgisayar mühendisliği problemlerin çözümüne ilişkin deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi | 1 |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Bireysel olarak ve disiplin içi/çok disiplinli takımlarda etkin çalışabilme becerisi, sorumluluk alma ve özgüven | 1 |
| PÖÇ07 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Bilgiye erişebilme, kaynak araştırması yapabilme ve bilgi kaynaklarını kullanabilme becerisi | 1 |
| PÖÇ08 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi | 1 |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | 9. Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma, ve en az bir yabancı dilde teknik yayın okuyup anlayabilme, rapor hazırlama ve sunum yapma becerisi | 1 |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi | 1 |
| PÖÇ11 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | 11. Proje yönetimi, işyeri uygulamaları, çalışanların sağlığı, çevre ve iş güvenliği, ve mühendislik uygulamalarının hukuksal sonuçları hakkında farkındalık | 1 |
| PÖÇ12 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | 12. Mühendislik çözümlerinin ve uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlardaki etkileri, girişimcilik ve yenilikçilik, ve çağın sorunları hakkında bilgi sahibi olmak | 1 |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Hesaplamalı Biyolojinin Tarihi | İlgili ünitenin okunması | |
| 2 | Temel Biyoloji | İlgili ünitenin okunması | |
| 3 | Hizalama ve İstatistik | İlgili ünitenin okunması | |
| 4 | Protein Hizalama Çalışması | İlgili ünitenin okunması | |
| 5 | Protein Özellikleri için Markov ve Gizli Markov Modelleri | İlgili ünitenin okunması | |
| 6 | Protein Yapısı | İlgili ünitenin okunması | |
| 7 | Motiflerin Eldesi için Yöntemler | İlgili ünitenin okunması | |
| 8 | Ara Sınav | Ders notlarının tekrarı | |
| 9 | Protein yapısının tahmini | İlgili ünitenin okunması | |
| 10 | Proteinlerin Etkileşimleri | İlgili ünitenin okunması | |
| 11 | Düzenleyici Ağlar | İlgili ünitenin okunması | |
| 12 | Gen Düzenleyici Ağlar | İlgili ünitenin okunması | |
| 13 | Gen düzenlerinin karşılaştırılmalı analizi | İlgili ünitenin okunması | |
| 14 | Sentetik Biyoloji | İlgili ünitenin okunması | |
| 15 | İnsan Genetiği | İlgili ünitenin okunması | |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ders notlarının tekrarı | |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ders notlarının tekrarı |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 5 | 70 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 15 | 15 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 30 | 30 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 157 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,28 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||