VTS128 Temel Biyoinformatik

1 AKTS - 1-0 Süre (T+U)- 2. Yarıyıl- 1 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod VTS128
Ad Temel Biyoinformatik
Yarıyıl 2. Yarıyıl
Süre (T+U) 1-0 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 1 AKTS
Yerel Kredi 1 Yerel Kredi
Eğitim Dil Türkçe
Seviye Lisans Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Dr. Öğr. Üyesi SİNAN KANDIR


Dersin Amacı

Biyoloji veri bankalarından gelen bilginin anlaşılır ve organize hale getirilmesi için kullanılan tekniklerin anlaşılmasının sağlanması amaçlanmaktadır.

Dersin İçeriği

Biyoinformatik kavramı ve kullanım alanları, bilgi kuramı, bilginin toplanması, işlenmesi ve paylaşılması, veri bankası oluşturma ve kullanımı, protein ve nükleotid veri tabanlarının incelenmesi, primer dizaynı, nükleotid ve protein dizi analiz sonuçlarının değerlendirilmesi, biyoinformatiğin veteriner hekimliğinde kullanım alanları.

Dersin Ön Koşulu

Bulunmamaktadır

Kaynaklar

Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, New York, 2002. Bioinformatics : A Practical Approach, Shui Qing Ye, Chapman and Hall/CRC, London, 2007. Bioinformatics, ed. Jonathan M. Keith, Humana press, London, 2008.

Notlar

İlgili literatür, ders notları, sunular ve konu ile ilgili video görseller.


Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Biyoinformatiğin temel kavramlarını öğrenir
ÖÇ02 Biyoinformatik araçlar ve veri tabanları hakkında bilgi sahibi olur.
ÖÇ03 Veteriner Hekimliğinde biyoinformatiğin kullanım alanlarını öğrenir


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvan türleri ve ırklarını öğrenir, yapısal, işlevsel ve davranış özelliklerini tanır(anatomik, histolojik, fizyolojik, biyokimyasal vb).
PÖÇ02 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Farklı hayvan türleri, yetiştirme şekilleri ve beklenen verim özellikleri doğrultusunda sağlıklı yetiştiricilik için bakım-beslenme alternatiflerini belirler ve amaca uygun besleme programları hazırlar.
PÖÇ03 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hastalıkların tanı ve tedavi protokollerini belirler.
PÖÇ04 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hastalıklardan korunma ve tedavi amacıyla kullanılacak kimyasal ve biyolojik maddeler ile bunların üretim teknolojileri konusunda temel bilgileri öğrenir.
PÖÇ05 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvan ırkları arasında verim değerlendirmeleri yapar, gerektiğinde ıslah çalışması yapabilecek düzeyde seleksiyon, melezleme, suni tohumlama bilgisini tekrarlar.
PÖÇ06 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvancılık işletmeleri için en uygun yönetim planlamalarını yapar.
PÖÇ07 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvan ve hayvan sahiplerinin hakları konusunda bilgi sahibidir.
PÖÇ08 Bilgi - Kuramsal, Olgusal İnsan tüketimi için üretilen hayvansal gıdaların ve/veya bileşiminde hayvansal ürün bulunan gıdaların hijyenik üretim, imalat, tüketime sunuluş ve satışlarında yeterli teknoloji bilgisine sahiptir.
PÖÇ09 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Veteriner Hekimliğe ilişkin ulusal ve uluslararası kanun ve yönetmelikleri öğrenir.
PÖÇ10 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Veteriner Hekimliği eğitimi süresince edindiği bilgileri kullanarak ve temel hekimlik ilkelerini gözeterek, hayvancılık işletmeleri, hayvansal gıda üretimi yapan işletmeleri yönetir.
PÖÇ11 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvanlarda olması muhtemel her türlü hastalığı klinik olarak tanır, bu amaca yönelik olarak tanı yöntemlerini kullanır, gerektiğinde tanı materyallerini alır ve yetkili laboratuarlara gönderir ve/veya test eder, hekimliğin tüm yöntemlerini kullanarak (tanı yöntemleri sonuçlarını yorumlama, ilaç ya da operatif uygulamalar gibi) tanısı konulan hastalıkların tedavisini yapar. Bulaşıcı hastalıkların kontrolü amacıyla biyogüvenlik dâhil gerekli önlemleri alır. 1
PÖÇ12 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Kuramsal olarak belirlenen bakım-besleme protokollerini hazırlar ve kullanır. İşletme ve bölge düzeyinde özellikleri göz önünde bulundurarak, ekonomik yetiştiricilik için gerekli uygulamaları yapar.
PÖÇ13 Bilgi - Kuramsal, Olgusal İnsan tüketimi için üretilen hayvansal gıdaların ve/veya bileşiminde hayvansal ürün bulunan gıdaların üretimlerini denetler ve tüketime sunulan nihai gıda maddelerinin sağlık kontrolünü yapar.
PÖÇ14 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Yetki ve sorumlulukların farkında olarak mesleğini icra etme bilincine sahip olur. Bireysel ve grup çalışmalarında sorumluluk alır, alınan görevi becerileri doğrultusunda yerine getirir.
PÖÇ15 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Uzmanlık alanı dışındaki problemlerde diğer uzmanlar ile işbirliği içinde, ekip üyesi olarak çözüme katkıda bulunur. Mesleki paydaşlarla iletişim de olarak, bölgesel veya ulusal düzeydeki ortak sorunlara çözüm üretme çabasındadır.
PÖÇ16 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Bilimsel bilgiyi üretme ve kullanıma sokma metotlarını kavrar. Kazandığı bilgi ve becerileri eleştirel yolla değerlendirerek, alanı ile ilgili edinmesi gereken yeni bilgileri ve bilgi kaynaklarını belirler ve öğrenim gereksinimlerini gidereceği etkinliklere katılır.
PÖÇ17 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Meslek kurul ve kuruluşlarında alanı ile ilgili görevler alır. Mesleki yetenek ve yetkilerinden yola çıkarak toplum bilinciyle sosyal projeler planlar ve hayata geçirir. Halk ve hayvan sağlığını ilgilendiren konularda ilgili kurullarda sorunun tanımlanması ve çözüm önerilerine ilişkin bilgiler verir ve etkinlikler düzenler.
PÖÇ18 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Alanındaki mesleki gelişimini devam ettirir ve sosyal ilişkileri kurabilecek düzeyde (en az Avrupa Dil Portföyü B1 genel düzeyi) en az bir yabancı dili kullanabilir. En az Avrupa Bilgisayar Kullanma Lisansı İleri Düzeyinde bilgisayar yazılımı ile mesleki uygulamalar ve sosyal ilişkiler düzeyinde ihtiyaç duyulabilecek diğer teknolojik araçları kullanır. Dünya gündemini yakından takip eder, olaylara duyarlıdır. 3
PÖÇ19 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Ülke ve bölge ihtiyaçlarının bilincinde olur, gerektiği takdirde bunları uygulamalarında rehber edinir. İnsan, hayvan ve hayvan sahibinin hakları konusunu tanımlar ve hayvan refahını tüm uygulamalarında gözetir. Hekimlik mesleğinin gereği olan etik değerlere sahiptir, bu değerleri gerektiğinde savunur. İş yeri ve beraberinde çalışan personel açısından iş güvenliği kavramlarına hâkim olur, uygulama ve savunma yeterliliğine sahip olur. Çevre sağlığı kurallarının bilincindedir ve doğayı korumaya yönelik uygulamaları yapar. Çevre, veteriner halk sağlığı ve zoonozlar konularında duyarlı olur.
PÖÇ20 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Veteriner hizmetleri ile ilgili olay ve olguları kavramsallaştırır; bilimsel teknik ve yöntemleri inceler, sonuçları yorumlar; sorunlara yönelik analiz veya yöntem kurgular; elde ettiği verilere göre çözüm ve/veya tedavi alternatifi sunar. Veteriner hizmetleri ile ilgili olarak güncellenen mevzuatları takip eder ve gerektiğinde kullanır. 5
PÖÇ21 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvanların fizyolojik ve fizyopatolojik durumlarını kavramsal ve olgusal olarak değerlendirebilir.
PÖÇ22 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Hayvan hastalıklarının laboratuvar sonuçlarını (hematolojik, biyokimyasal, EKG, EEG, EMG vb.) değerlendirir, elde ettiği verilere dayalı olarak doğru tanı, teşhis ve tedavi metotlarını uygular.


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 Biyoinformatik kavramlar ve tarihçe İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap
2 Biyoinformatiğe giriş İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
3 Biyoinformatik araçlar - veritabanları İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama
4 Biyoinformatik araçlar - veritabanları İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap
5 Literatür bilgisi ve genetik araçlar İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Örnek Olay
6 Veri toplama İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama
7 FASTA ve Genbank dosya formatları İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama
8 Ara Sınav Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım
9 Veteriner hekimliğinde biyoinformatik araçların kullanımı İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Soru-Cevap, Anlatım
10 Pet hayvanları gen veri tabanları İlgili kitap, makale, ders notu Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma
11 OMIM veri tabanı İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama
12 Çiftlik hayvanları gen veri tabanları İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama
13 Kanatlı hayvan gen veri tabanları İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama
14 Proteomik bilimine giriş İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap
15 Protein veri tabanları İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 1 14
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 1 14
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 0 0 0
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 2 2
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 4 4
Toplam İş Yükü (Saat) 34
Toplam İş Yükü / 25 (s) 1,36
AKTS 1 AKTS