BK584 Bitki ve Patojenlerin Genom Analizleri

6 AKTS - 2-2 Süre (T+U)- . Yarıyıl- 3 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod BK584
Ad Bitki ve Patojenlerin Genom Analizleri
Yarıyıl . Yarıyıl
Süre (T+U) 2-2 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 6 AKTS
Yerel Kredi 3 Yerel Kredi
Eğitim Dil Türkçe
Seviye Doktora Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Prof. Dr. MUKADDES KAYIM


Dersin Amacı

Bitkilerde patojenle ilişkili genlerin yapılarını incelemek, patojenlerin nükleotid dizilerine göre sınıflandırılması, Patojenleri teşhis etmek için serolojik yöntemler geliştirmede protein gen dizilerini belirlemek, bitki ve patojenlerin genetik soy ağaçlarını oluşturmak

Dersin İçeriği

Bitkilerdeki dayanıklılık ile ilişkili genlerin biyoinformatik analizlerle belirlenmesi, genlerin nükleotid dizileri, organizasyonu, patojenlerin genom yapıları ve nükleotid dizileri, protein motifleri, nukleotid dizilerine göre soy ağaçları

Dersin Ön Koşulu

Yoktur

Kaynaklar

Phylogenetic Trees Made easy: A How to manual 5. Baskı Barry G. Hall 2022

Notlar

Ders notları


Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Soy ağacı nedir, bir soy ağacının nasıl tahmin edildiğini, neden patojenler için soy ağacı oluşturulduğunu öğrenir.
ÖÇ02 Bitki ve pattojenler için dizileri hizalamada kullanılan metodları ve yazılım programlarını kullanmayı öğrenir
ÖÇ03 Filogenetik ağaçları tahmin etmede ana yöntemleri kullanmayı ve karşılaşılan sorunları nasıl çözüleceğini öğrenir.
ÖÇ04 Benzer genleri araştırmak için veritabanı kullanımını öğrenir
ÖÇ05 Protein yapısını ve dizilerini sınıflandırmak için kullanılan terimleri öğrenir. Mevcut hizalama modellerini ve proteinler için veri tabanını öğrenir.
ÖÇ06 Dünyada farklı veri bankalarındaki gen dizi ve proteinlerle nasıl karşılaştırma ve analiz yapmayı öğrenir.


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Temel bilim, genel ziraat mühendisliği, bitkisel üretimle ilgili temel konularda bilgi sahibi olur. 2
PÖÇ02 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Kültür bitkilerinde verim kaybına neden olan hastalık, zararlı ve yabancı otların biyolojisi, ekolojisi, sistematiği ve mücadele yöntemlerini öğrenir. 1
PÖÇ03 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Kültür bitkilerinde verim kaybına neden olan hastalık, zararlı ve yabancı otların tanısı, biyolojisi ve mücadelesini uygulamalı olarak öğrenir. 4
PÖÇ04 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Bitki koruma problemlerini kavrar, bilimsel yöntemlerle çözümü için gerekli beceriyi kazanır.
PÖÇ05 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Laboratuvar kullanma, analiz yapma ve sonuçları değerlendirme, yorumlama ve rapor yazma becerisi kazanır. 3
PÖÇ06 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Bitki koruma problemlerine karşı uygun mücadele yöntemlerini seçerek, pratikte doğru kullanımını sağlar.
PÖÇ07 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Gerekli teknolojileri kullanarak bilgiye ulaşır, bunları sentezleyerek sözlü sunumlar yapar. 5
PÖÇ08 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Alanıyla ilgili problemleri belirleme ve bunların çözümünde üst düzey bilimsel araştırma yöntemlerini kurgulama ve kullanma becerisi kazanır.
PÖÇ09 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı veya projeyi bağımsız olarak yürütebilme, pratikte karşılaşılan sorunların çözümü için yeni yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme
PÖÇ10 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Alanıyla ilgili problemleri belirleme ve bunların çözümünde üst düzey bilimsel araştırma yöntemlerini kurgulama ve kullanma becerisi kazanır
PÖÇ11 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Genelde bitki koruma, özelde uzmanlık alanındaki bilgileri geliştirebilir, derinleştirebilir, bilime yenilik getirecek ve özgün sonuçlara ulaşacak çalışmalar yapma ve yaptırma yetisi kazanır.
PÖÇ12 Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik Özgün buluş, görüş, yaklaşım ve önerilerini uzmanlardan oluşan topluluklar önünde savunabilir, etkili iletişim kurarak tartışabilir.
PÖÇ13 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Bitki Koruma ile ilgili konuları diğer bilim alanları ile ilişkilendirebilir, yeni ve karmaşık fikir, olay ve olguların değerlendirmesinde uzmanlık gerektiren bilgileri etkin biçimde kullanır.
PÖÇ14 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Bitki koruma alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel ilerlemelerin; bilgi toplumu oluşturma, bilimsel yöntemlerle sorun çözme ve karar aşamalarında etkin görevler üstlenebilir.
PÖÇ15 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Bitki Koruma alanında edindiği bilgi ve deneyimlerini, üretim alanında karşılaştığı problemlerin çözümünde kullanır, kamu ve özel kuruluşlarda görev alır veya danışmanlık hizmeti verir.
PÖÇ16 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Elde ettiği araştırma ve proje sonuçlarını rapor/tez haline dönüştürebilme ve bunları uluslararası toplantılarda ve dergilerde sunabilme ve yayınlayabilme becerisi kazanır.


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 Soy ağacı nedir, bir soy ağacı nasıl tahmin edilir Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
2 Neden patojenler için soy ağacı oluşturulur Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Tartışma
3 Dizilerin fasta formata alınması Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri
4 Dizileri hizalama Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri
5 Filogenetik ağaçları tahmin etmek için ana yöntemler Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri, Tartışma
6 Yan dalları birleştirme Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri
7 Filogenetik ağaçların çizilmesi Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Alıştırma ve Uygulama
8 Ara Sınav Yazılı sınava ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Ölçme Yöntemleri:
Ödev
9 Parsimony, Azami olasılık, MrBayes kullanarak ağaçların Bayesci çıkarımı Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri
10 Atalara ait dizilerin yeniden yapılandırılması Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri
11 Uyarlanabilir evrimi tespit etmek Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri, Gösterip Yaptırma
12 Benzer genleri araştırmak için veritabanı kullanımı Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri, Gösterip Yaptırma
13 Protein yapısını ve dizilerini sınıflandırmak için kullanılan terimler Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap
14 Proteinler için uygun eşleştirme modelleri ve veri tabanları Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri, Gösterip Yaptırma
15 Örneklerle soy ağaçları oluşturma Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösterip Yaptırma
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Yazılı sınav için ders notlarından ve sunulardan çalışmak. Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav, Ödev
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Yazılı sınav için ders notlarından ve sunulardan çalışmak. Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 4 56
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 4 56
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 1 2 2
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 12 12
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 28 28
Toplam İş Yükü (Saat) 154
Toplam İş Yükü / 25 (s) 6,16
AKTS 6 AKTS