BT508 Python ile Biyoinformatik Yazılım Geliştirme

6 AKTS - 4-0 Süre (T+U)- . Yarıyıl- 4 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod BT508
Ad Python ile Biyoinformatik Yazılım Geliştirme
Dönem 2022-2023 Eğitim-Öğretim Yılı
Yarıyıl . Yarıyıl
Süre (T+U) 4-0 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 6 AKTS
Yerel Kredi 4 Yerel Kredi
Eğitim Dil Türkçe
Seviye Yüksek Lisans Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Prof. Dr. ZEYNEL CEBECİ


Dersin Amacı / Hedefi

Bu ders biyoinformatik bilgi kaynakları, protein ve gen veritabanları; gen ve protein dizileri için BLAST algoritmalarını öğretmek amacındadır.

Dersin İçeriği

Bu ders, Python programlama dilinde programlama ve biyoinformatik yazılım geliştirme konularını içermektedir.

Dersin Ön Koşulu

Daha önce programlama dillerinden herhangi birini öğrenmiş olmak

Kaynaklar

Bassi, S. (2016). Python for bioinformatics. Chapman and Hall/CRC. Model, M. L. (2009). Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for Biological Data. O'Reilly Media, Inc.

Notlar

Biopython Tutorial. URL https://www.tutorialspoint.com/biopython/index.htm


Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Python dilini öğrenir.
ÖÇ02 Biyoinformatikle ilgili yazılımlar kodlayabilir.
ÖÇ03 Nesne yönelimli programlamayı öğrenir.
ÖÇ04 Kodlama hatalarını incelemeyi ve düzletmeyi öğrenir.


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar. 4
PÖÇ02 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi teşhis eder, araştırma yöntemlerini kullanarak çözer. 3
PÖÇ03 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlar ve yeni bilgiler oluşturur.
PÖÇ04 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir.
PÖÇ05 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir. 3
PÖÇ06 Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunlarını çözmek ve araştırma yöntemlerini kullanarak gerekli düzeyde iletişim kurar. 3
PÖÇ07 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Biyoteknoloji alanında bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme yetisini kazanır 2
PÖÇ08 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar.
PÖÇ09 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Biyoteknolojik ürün elde edilirken dikkat edilmesi gereken etik kuralları bilir.
PÖÇ10 Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar.


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 Python'a giriş, kurulum ve çalışma ortamının kullanılması İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
2 Veri türleri İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
3 Değişkenler ve değişken türleri İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
4 Basit ifadeler İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
5 İleri veri türleri, taşıyıcılar İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
6 Döngüler İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
7 Fonksiyonlar İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
8 Ara Sınav Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Ödev
9 Hata düzeltme İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
10 Kodlama yönetimi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
11 Giriş/Çıkış dosyaları İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
12 Diğer bileşenlerle etkileşimler İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
13 Düzenli ifadeler İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
14 Fonksiyonel programlamaya giriş İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
15 Nesne yönelimli programlamaya giriş İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Ödev
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Ödev


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 4 56
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 4 56
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 0 0 0
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 12 12
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 28 28
Toplam İş Yükü (Saat) 152
Toplam İş Yükü / 25 (s) 6,08
AKTS 6 AKTS

Güncelleme Zamanı: 17.11.2022 11:05