BT507 Mikrodizilerin İstatistik Analizi

6 AKTS - 3-0 Süre (T+U)- . Yarıyıl- 3 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod BT507
Ad Mikrodizilerin İstatistik Analizi
Yarıyıl . Yarıyıl
Süre (T+U) 3-0 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 6 AKTS
Yerel Kredi 3 Yerel Kredi
Eğitim Dil Türkçe
Seviye Yüksek Lisans Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Prof. Dr. ZEYNEL CEBECİ


Dersin Amacı

Bu ders, mikrodizi görüntülerinin işlenmesi, İyileştirilmesi ve istatistik analizi ile ilgili konuları öğretmek amacındadır.

Dersin İçeriği

Bu ders, mikrodizi görüntülerinin işlenmesi, İyileştirilmesi ve istatistik analizi ile ilgili konuları içermektedir.

Dersin Ön Koşulu

Ön koşul yok

Kaynaklar

Brazma, A., Causton, H. C., & Quackenbush, J. (2003). Microarray Gene Expressions Data Analysis: A Beginner's Guide. Blackwell Pub. Cebeci, Z. (2020). Veri Biliminde R ile Veri Önişleme. Nobel Akademik Yayıncılık, ISBN: 9786254060755

Notlar

Lei, G. (2008). Tutorial: analysing Microarray data using BioConductor. URL http://www.mas.ncl.ac.uk/~ngl9/topics/inotes/TutorialMicroarrayAnalysis.pdf


Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Mikrodizilerle ilgili temel kavramları öğrenir.
ÖÇ02 Mikrodizi teknolojilerini öğrenir.
ÖÇ03 Mikrodizi verilerinin istatistik analizini yapar.
ÖÇ04 Mikrodizi istatistik analiz sonuçlarını yorumlar.


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar.
PÖÇ02 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi teşhis eder, araştırma yöntemlerini kullanarak çözer. 1
PÖÇ03 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlar ve yeni bilgiler oluşturur. 3
PÖÇ04 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir. 1
PÖÇ05 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir.
PÖÇ06 Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunlarını çözmek ve araştırma yöntemlerini kullanarak gerekli düzeyde iletişim kurar. 4
PÖÇ07 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Biyoteknoloji alanında bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme yetisini kazanır 5
PÖÇ08 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar.
PÖÇ09 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Biyoteknolojik ürün elde edilirken dikkat edilmesi gereken etik kuralları bilir.
PÖÇ10 Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar.


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 Mikrodizi analizine giriş İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
2 Mikrodizi türleri İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
3 Mikrodizi verilerinin ön işlenmesi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
4 Mikrodizi verilerinin normalleştirilmesi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
5 Mikrodizi verilerinin görselleştirilmesi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
6 Mikrodizi verilerin okunması ve disk dosyalarına yazılması İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
7 Eksik ve aykırı verilerin düzenlenmesi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Gösterip Yaptırma, Anlatım
8 Ara Sınav Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Ödev, Sözlü Sınav
9 R ile mikrodizi analizine giriş İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım
10 Bioconductor'de R paketlerinin araştırılması ve indirilmesi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım
11 marray ile mikrodizi analizi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım
12 Limma ile mikrodizi analizi İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım
13 Farklı ifade olan genlerin seçilmesi için doğrusal modeller İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
14 Büyük ölçekli gen ifadesi denemelerinde çoklu testler İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
15 Genler ve örneklemlerdeki desenleri arama İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama, Anlatım
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Ödev
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Ödev


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 5 70
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 0 0 0
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 15 15
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 30 30
Toplam İş Yükü (Saat) 157
Toplam İş Yükü / 25 (s) 6,28
AKTS 6 AKTS