BTE0016 Applications of bioinformatics-II

6 AKTS - 3-2 Süre (T+U)- . Yarıyıl- 4 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod BTE0016
Ad Applications of bioinformatics-II
Yarıyıl . Yarıyıl
Süre (T+U) 3-2 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 6 AKTS
Yerel Kredi 4 Yerel Kredi
Eğitim Dil İngilizce
Seviye Yüksek Lisans
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Doç. Dr. ATIL BİŞGİN


Dersin Amacı

Lisansüstü öğrencilere moleküler genetik yöntemlerde biyoinformatik uygulamaları konusunda deneyim kazandırmak

Dersin İçeriği

Bu ders Biyoinformatik Uygulamaları- I dersinin devam niteliğinde olup lisanüstü öğrencilere yeni nesil dizileme sonucu elde edilen verilerin işlenmesi, analiz edilmesi ve doğru biyoinformatik araçların seçilmesine yönelik bilgi ve tecrübe kazandıracaktır.

Dersin Ön Koşulu

Kaynaklar

Notlar



Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Yeni Nesil Dizileme yöntemi hakkında bilgi sahibi olmak
ÖÇ02 Yeni Nesil Dizileme sistemelerini tanımak
ÖÇ03 Yeni Nesil Dizileme yöntemi çıktılarını yorumlamak
ÖÇ04 DNA ve RNA düzeyindeki genetik değişimlerin biyoinformatik analizleri hakkında bilgi sahibi olmak
ÖÇ05 Varyant kalite kontrolleri hakkında bilgi sahibi olmak
ÖÇ06 Veri bankası, tahmin araçları vb tanımak
ÖÇ07 Yeni Yeni Nesil Dizileme temel iş akışları hakkında bilgi sahibi olmak.
ÖÇ08 Yeni Nesil Dizileme sistemelerinde kullanılan biyolojik materyalleri tanımak


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Yüksek lisans yeterliliklerine dayalı olarak alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve alanına yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır. 4
PÖÇ02 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar; yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır. 3
PÖÇ03 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Alanındaki yeni bilgileri sistematik bir yaklaşımla değerlendirir, kullanır ve aktarır. 4
PÖÇ04 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Yeni ve karmaşık düşüncelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar. 5
PÖÇ05 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Özgün ve disiplinler arası sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapar. 3
PÖÇ06 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Alanı ile ilgili en az bir bilimsel makaleyi ulusal ve/veya uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak ve/veya özgün bir yapıt üreterek ya da yorumlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletir. 2
PÖÇ07 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirir. 2
PÖÇ08 Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar. 3
PÖÇ09 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Ulusal ve uluslararası bilimsel araştırma gruplarında bilimsel araştırma yapar. 4
PÖÇ10 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar. 3


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 YND ile trio analizler Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Gösteri, Deney / Laboratuvar
2 Herediter algoritmaları ile biyoinformatik analizler Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Gösteri, Deney / Laboratuvar
3 Somatik algoritmaları ile biyoinformatik analizler - 1: Taze dokudan tümörlü dokuya Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Gösteri, Deney / Laboratuvar
4 Somatik yolaklar ile biyoinformatik analizler -2: Hücre dışı serbest DNA Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Gösteri, Deney / Laboratuvar
5 Tüm ekzom analizlerinde varyant seçimi Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Gösteri, Deney / Laboratuvar
6 Tüm genom analizlerinde varyant seçimi Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri, Deney / Laboratuvar
7 Klinik genetikte YND ve Veritabanlarının kullanımı Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri, Deney / Laboratuvar
8 Ara Sınavlar Ön hazırlık gerektirmemektedir Ölçme Yöntemleri:
Performans Değerlendirmesi
9 Verilerin saklanmasına ilişkin yasal süreçler Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
10 Kişi veri güvenliği kapsamında genetik bilgilerin saklanması ve güvenliği Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma
11 Öğrenci sunumları Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
12 Öğrenci sunumları Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
13 Öğrenci sunumları Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
14 Veri madenciliği ve kullanım alanları Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
15 Klinik raporlama Ön hazırlık gerektirmemektedir Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Gösteri
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Ön hazırlık gerektirmemektedir Ölçme Yöntemleri:
Ödev
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Ön hazırlık gerektirmemektedir Ölçme Yöntemleri:
Ödev


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 5 70
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 5 70
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 0 0 0
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 5 5
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 15 15
Toplam İş Yükü (Saat) 160
Toplam İş Yükü / 25 (s) 6,40
AKTS 6 AKTS