ZO615 Biyoinformatiğe Giriş

6 AKTS - 4-0 Süre (T+U)- . Yarıyıl- 4 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod ZO615
Ad Biyoinformatiğe Giriş
Yarıyıl . Yarıyıl
Süre (T+U) 4-0 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 6 AKTS
Yerel Kredi 4 Yerel Kredi
Eğitim Dil Türkçe
Seviye Doktora Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Prof. Dr. ZEYNEL CEBECİ


Dersin Amacı

Bu ders, biyoinformatikle ilgili veritabanları, ikili ve çoklu dizi hizalama yöntemleri, filogenetik ağaçların oluşturulması, görselleştirme, istatistik analizle ilgili konuları öğretmeyi amaçlamaktadır.

Dersin İçeriği

Bu ders, biyoinformatikle ilgili veritabanları, ikili ve çoklu dizi hizalama yöntemleri, filogenetik ağaçların oluşturulması, görselleştirme, istatistik analizle ilgili konuları kapsamaktadır.

Dersin Ön Koşulu

Ön koşul yok

Kaynaklar

Şakiroğlu, M. (2020). Genomik Analiz İçin Biyoinformatik Yöntemler. Palme Yayınevi, ISBN 9786052825419.

Notlar

Lesk, A. (2019). Introduction to bioinformatics. Oxford university press.


Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Biyolojik bilgiyle ilgili kavram ve terimleri öğrenir.
ÖÇ02 Biyolojik bilgi ile ilgili veritabanlarını kullanır.
ÖÇ03 Gen ve protein hizalama algoritmalarını öğrenir.
ÖÇ04 Filogenetik ağaçları çizip yorumlar.


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Lisans eğitimi sonrası, hayvan yetiştirme ve ıslahı, yemler ve hayvan besleme, biyometri ve genetik bilim dallarından birinde bilgi birikimini artırır 3
PÖÇ02 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Farklı disiplinler arasındaki etkileşimi kavrar 1
PÖÇ03 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Zootekni bilim alanı için stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve bölgesel, ulusal ya da uluslararası çözüm üreteilme becerisini kazanır
PÖÇ04 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Zootekni bilimindeki verileri kullanarak bilimsel yöntemlerle bilgiyi geliştirebilme, bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk bilinci ile bu bilgileri kullanabilme becerisini kazanır 2
PÖÇ05 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Zootekni bilim alanının gerektirdiği bilgisayar yazılım ve donanım bilgisi ile bilişim teknolejilerini kullanabilme ve geliştirebilme becerisini kazanır 5
PÖÇ06 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Kendi çalışmalarını ya da Zootekni bilim alanındaki güncel gelişmeleri alanındaki veya diğer bilim alanlarındaki gruplara yazılı, sözlü ve görsel olarak aktarabilme becerisini kazanır
PÖÇ07 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvansal ürünlerin kalite süreçlerini değerlendirme becerisini kazanır
PÖÇ08 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvansal üretimin, değişen ekonomik ve toplumsal koşullara uygun şekilde dinamik kalmasını sağlayacak yeteneği kazanır
PÖÇ09 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Ulusal ve uluslararası güncel sorunları takip edebilme, yaşam boyu öğrenme, bilim ve teknoloji alanındaki gelişmeleri izleyebilme, kendini sürekli olarak yenileyebilme ve yenilikleri hayvansal üretime aktarabilme becerisini kazanır
PÖÇ10 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Hayvansal ürünler ile insan sağlığı ve toplum refahı arasındaki ilişkiyi özümser


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 Biyoinformatiğe giriş İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
2 Biyolojik bilgi ve veritabanları İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
3 İkili dizi hizalama İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
4 Veritabanlarında benzerlik sorgulamaları İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
5 Çoklu dizi hizalama İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
6 Gen ontolojileri ve veritabanları İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
7 Filogenetik ağaçların oluşturulması İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
8 Ara Sınav Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Sözlü Sınav, Ödev
9 Protein yapısına giriş İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
10 Protein yapısının modellenmesi ve görselleştirme İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
11 Genom haritalama İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
12 R ve R'de biyoinformatikle ilgili paketlerin araştırılması ve kurulması İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Alıştırma ve Uygulama
13 Durum çalışması (1) İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Gösterip Yaptırma
14 Durum çalışması (2) İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Gösterip Yaptırma
15 Durum çalışması (3) İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek Öğretim Yöntemleri:
Gösterip Yaptırma
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Sözlü Sınav, Ödev
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Sınava hazırlık Ölçme Yöntemleri:
Sözlü Sınav, Ödev


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 4 56
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 4 56
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 0 0 0
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 12 12
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 28 28
Toplam İş Yükü (Saat) 152
Toplam İş Yükü / 25 (s) 6,08
AKTS 6 AKTS