TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | Trans610 |
| Ad | Basic Bioinformatics |
| Dönem | 2022-2023 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | . Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 3-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 5 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | İngilizce |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Doç. Dr. ATIL BİŞGİN |
Dersin Amacı / Hedefi
Lisansüstü öğrencilere moleküler genetik yöntemlerde biyoinformatik uygulamaları konusunda deneyim kazandırmak
Dersin İçeriği
Bu ders ile öğrencilere DNA ve RNA'da meydana gelebilecek tüm genetik değişimlerin analizlerinin yapılabilmesi ve protein yapısının genel işleyiş üzerindeki önemini kavramalarını adına beceri kazandırmak amaçlanmıştır. Bunun kapsamda, öğrencilerin temel biyoinformatik bilgisine sahip olmaları ile veri tabanı ve biyoinformatik analiz araçlarını kullanabilmelerini sağlamak hedeflenmiştir.
Dersin Ön Koşulu
yok
Kaynaklar
Biyoinformatik ile ilgili güncel makaleler
Notlar
Biyoinformatik ile ilgili yayınlar
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Biyoinformatik hakkında genel bilgi sahibi olmak |
| ÖÇ02 | Biyoinformatiğin kullanım alanları hakkında fikir edinmek |
| ÖÇ03 | Moleküler genetik yöntemleri ile biyoinformatik arasındaki ilişkiyi kavramak |
| ÖÇ04 | Biyoinformatik yazılımları ve veri bankalarını tanımak |
| ÖÇ05 | Veri bankası, tahmin araçları vb tanımak |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve translasyonel tıp alanında yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır. | 4 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıbbın ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar; özgün ve yeni fikirleri analiz, sentez eder, değerlendirir. | 3 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, cihaz ve aletlerin kullanımını açıklar. | 3 |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp alanına yönelik yapılan çalışmalarda sürekli olarak kullanılan bir araç olarak istatistik yöntemleri tanımlar, ilgili yazılımları etkili kullanır. | |
| PÖÇ05 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp ile ilgili çalışmalarda kuramsal ve uygulamalı bilgilerini üst düzeyde kullanır. | |
| PÖÇ06 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıbba yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirir ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygular, özgün bir konuyu araştırır, kavrar, tasarlar, uyarlar. | |
| PÖÇ07 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar. | |
| PÖÇ08 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, gereç ve aletleri ileri düzeyde kullanarak gerekli incelemeyi yapar, problemlere yeni yaratıcı çözümler (alet, yöntem, tedavi, ilaç) geliştirir. | |
| PÖÇ09 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp alanındaki istatistik yazılımlarını etkin kullanır, istatistiksel yöntemleri doğru seçer, doğru hesaplar ve doğru yorumlar. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Translasyonel Tıp laboratuvarlarının düzenini sürdürür ve laboratuvarda çalışma saatlerinde öngörülmeyen karmaşık durumlarla karşılaşılması halinde çözüm önerileri geliştirir. | |
| PÖÇ11 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Translasyonel tıp ve ilişkili alanlardaki çalışmaları bağımsız veya ekip olarak yürütür. | |
| PÖÇ12 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar ve ulusal/uluslar arası kabul görmüş hakemli bir dergide (SCI, SCI-Expanded, SSCI, or AHCI) kapsamında) yayınlar ve bilimsel toplantılarda sunar. | |
| PÖÇ13 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Kanıta dayalı uygulamaları takip eder ve mesleki uygulamalar ile translasyonel tıp alanında kanıt oluşturacak araştırmalar yapar ve toplumu bilgilendirmek üzere sunar. | |
| PÖÇ14 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Translasyonel Tıp alanı ile ilgili ileri düzeyde mesleki gelişim ve yaşam boyu öğrenme ilkelerini gerçekleştirdiği çalışmalarda uygular. | |
| PÖÇ15 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Translasyonel Tıp alanında uzman veya uzman olmayan gruplarla güncel gelişme ve araştırmalar hakkında yazılı, sözlü ve görsel olarak nicel ve nitel verilerle de destekleyerek etkin bir iletişim kurar. | |
| PÖÇ16 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Öğretmeyi öğrenir. | |
| PÖÇ17 | Belirsiz | Akranlarıyla bir yabancı dili en az Avrupa dili portföyü B2 genel düzeyde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurar. | |
| PÖÇ18 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Translasyonel tıp ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunur ve bu değerlerin gelişimini destekleyerek toplumsal strateji, uygulama planları ve kalite süreçlerinde kullanır. | |
| PÖÇ19 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Etik ilkelerin ve etik kurulların birey ve toplum için önemini bilir, etik davranır. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğe giriş | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 2 | Biyoinformatiğin temel klinik uygulamaları | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 3 | Moleküler genetikte biyoinformatik kullanımı | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 4 | Tıp sektöründe biyoinformatik çözümlere genel bakış | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 5 | Dizileme yöntemlerinde biyoinformatik | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 6 | Yeni Yeni Nesil Dizileme (YND) | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 7 | Yeni Yeni Nesil Dizileme (YND) Sistemlerinin tanıtılması | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Deney / Laboratuvar |
| 8 | Ara Sınavlar | Ön hazırlık gerektirmemektir | Ölçme Yöntemleri: Performans Değerlendirmesi |
| 9 | Yeni nesil dizilemenin biyoinformatik uygulamaları | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama |
| 10 | YND analiz yolaklarının oluşturulması | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma |
| 11 | Çıktı ve verilerin kalite tayini | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama |
| 12 | Biyoinformatik uygulama 1 | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma |
| 13 | Biyoinformatik uygulama 2 | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma |
| 14 | Varyant analizlinde analiz araçları, veritabanları ve biyoinformatik kılavuzları | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 15 | Varyant analizlinde analiz araçları, veritabanları ve biyoinformatik kılavuzları-2 | Ön hazırlık gerektirmemektir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ön hazırlık gerektirmemektir | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ön hazırlık gerektirmemektir | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 3 | 42 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 12 | 12 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 18 | 18 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 114 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 4,56 | ||
| AKTS | 5 AKTS | ||