Trans602 DNA Damage and Repair

5 AKTS - 3-0 Süre (T+U)- . Yarıyıl- 3 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod Trans602
Ad DNA Damage and Repair
Yarıyıl . Yarıyıl
Süre (T+U) 3-0 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 5 AKTS
Yerel Kredi 3 Yerel Kredi
Eğitim Dil İngilizce
Seviye Doktora Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Doç. Dr. Yasemin SAYGIDEĞER


Dersin Amacı

The learning objective here is for students to gain an understanding of the major DNA repair pathways in eukaryotic cells, highlighting proteins involved in the cellular responses to ionizing radiation or anti-cancer chemotherapy. We will cover the main DNA repair pathways including base excision repair, mismatch repair, nucleotide excision repair, and DNA single strand and double strand break repair. We will stress the mechanisms of non-homologous end joining and homologous recombination repair. The topics of ATM and ATR dependent signaling, H2AX foci and roles of protein phosphorylation and protein ubiquitination, and the relationship of replication stress to the DNA damage response will be covered, as well has human diseases of genomic instability and cancer predisposition.

Dersin İçeriği

DNA repair pathways, highlighting the cellular responses to ionizing radiation will be covered, including: base excision repair, mismatch repair, nucleotide excision repair, and DNA single strand and double strand break repair. The relationship of replication stress to genomic instability in a cancer context will also be covered, as well has human diseases of genomic instability and cancer predisposition.

Dersin Ön Koşulu

Masters level Molecular Biology knowledge is required

Kaynaklar

Notlar



Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 The learning objective here is for students to gain an understanding of the major DNA repair pathways in eukaryotic cells, highlighting proteins involved in the cellular responses to ionizing radiation or anti-cancer chemotherapy
ÖÇ02 The students will understand the relationship of replication stress to the DNA damage response will be covered, as well has human diseases of genomic instability and cancer predisposition
ÖÇ03 Students read and understand article related to DNA damage and Repair system
ÖÇ04 They learn the techniques to study DNA damage and Repair pathways


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Translasyonel Tıp alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve translasyonel tıp alanında yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır. 4
PÖÇ02 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Translasyonel Tıbbın ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar; özgün ve yeni fikirleri analiz, sentez eder, değerlendirir. 3
PÖÇ03 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, cihaz ve aletlerin kullanımını açıklar. 3
PÖÇ04 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Translasyonel Tıp alanına yönelik yapılan çalışmalarda sürekli olarak kullanılan bir araç olarak istatistik yöntemleri tanımlar, ilgili yazılımları etkili kullanır. 2
PÖÇ05 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Translasyonel Tıp ile ilgili çalışmalarda kuramsal ve uygulamalı bilgilerini üst düzeyde kullanır. 2
PÖÇ06 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Translasyonel Tıbba yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirir ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygular, özgün bir konuyu araştırır, kavrar, tasarlar, uyarlar. 3
PÖÇ07 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar. 4
PÖÇ08 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, gereç ve aletleri ileri düzeyde kullanarak gerekli incelemeyi yapar, problemlere yeni yaratıcı çözümler (alet, yöntem, tedavi, ilaç) geliştirir. 3
PÖÇ09 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Translasyonel Tıp alanındaki istatistik yazılımlarını etkin kullanır, istatistiksel yöntemleri doğru seçer, doğru hesaplar ve doğru yorumlar. 1
PÖÇ10 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Translasyonel Tıp laboratuvarlarının düzenini sürdürür ve laboratuvarda çalışma saatlerinde öngörülmeyen karmaşık durumlarla karşılaşılması halinde çözüm önerileri geliştirir. 1
PÖÇ11 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Translasyonel tıp ve ilişkili alanlardaki çalışmaları bağımsız veya ekip olarak yürütür. 4
PÖÇ12 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar ve ulusal/uluslar arası kabul görmüş hakemli bir dergide (SCI, SCI-Expanded, SSCI, or AHCI) kapsamında) yayınlar ve bilimsel toplantılarda sunar. 2
PÖÇ13 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Kanıta dayalı uygulamaları takip eder ve mesleki uygulamalar ile translasyonel tıp alanında kanıt oluşturacak araştırmalar yapar ve toplumu bilgilendirmek üzere sunar. 5
PÖÇ14 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Translasyonel Tıp alanı ile ilgili ileri düzeyde mesleki gelişim ve yaşam boyu öğrenme ilkelerini gerçekleştirdiği çalışmalarda uygular. 3
PÖÇ15 Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik Translasyonel Tıp alanında uzman veya uzman olmayan gruplarla güncel gelişme ve araştırmalar hakkında yazılı, sözlü ve görsel olarak nicel ve nitel verilerle de destekleyerek etkin bir iletişim kurar. 4
PÖÇ16 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Öğretmeyi öğrenir. 3
PÖÇ17 Belirsiz Akranlarıyla bir yabancı dili en az Avrupa dili portföyü B2 genel düzeyde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurar. 5
PÖÇ18 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Translasyonel tıp ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunur ve bu değerlerin gelişimini destekleyerek toplumsal strateji, uygulama planları ve kalite süreçlerinde kullanır. 1
PÖÇ19 Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik Etik ilkelerin ve etik kurulların birey ve toplum için önemini bilir, etik davranır. 5


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 The importance of DNA Damage and the repair system Masters level knowledge of Molecular Biology and Genetics Öğretim Yöntemleri:
Soru-Cevap
2 Basics I: Base and Nucleotide Damage, DNA Mismatches and pathways of repair Öğretim Yöntemleri:
Soru-Cevap
3 Basics I-2: BER and NER Öğretim Yöntemleri:
Soru-Cevap
4 Case I Parts 1-3 Öğretim Yöntemleri:
Örnek Olay
5 Reviewing Case I parts 1-3 Öğretim Yöntemleri:
Tartışma
6 Case I Parts 4-6 Öğretim Yöntemleri:
Örnek Olay
7 Reviewing Case I Parts 4-6 Öğretim Yöntemleri:
Tartışma
8 Ara Sınavlar Ölçme Yöntemleri:
Ödev
9 DNA double strand breaks, intra/interstrand crosslinks and pathways of repair Öğretim Yöntemleri:
Soru-Cevap
10 Student presentations 1 “The checkpoint control of cell cycle” “p53 regulation and cell cycle” Öğretim Yöntemleri:
Grup Çalışması
11 Structural Approaches to understand DNA damage repair Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
12 Student presentations 2 “Consequences of BRCA 1 and 2 mutations” “FANCs (A B and C) and Fanconi Anemia” Öğretim Yöntemleri:
Grup Çalışması
13 Article criticism Öğretim Yöntemleri:
Tartışma
14 Article criticism Öğretim Yöntemleri:
Tartışma
15 Final homework assignments Öğretim Yöntemleri:
Tartışma
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Ölçme Yöntemleri:
Ödev


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 3 42
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 0 0 0
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 12 12
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 18 18
Toplam İş Yükü (Saat) 114
Toplam İş Yükü / 25 (s) 4,56
AKTS 5 AKTS