TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | VTS128 |
| Ad | Temel Biyoinformatik |
| Dönem | 2023-2024 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | 2. Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 1-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 1 AKTS |
| Yerel Kredi | 1 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Dr. Öğr. Üyesi SİNAN KANDIR |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Dr. Öğr. Üyesi SİNAN KANDIR
(A Grubu)
(Sor. Öğr. Ele.)
|
Dersin Amacı / Hedefi
Biyoloji veri bankalarından gelen bilginin anlaşılır ve organize hale getirilmesi için kullanılan tekniklerin anlaşılmasının sağlanması amaçlanmaktadır.
Dersin İçeriği
Biyoinformatik kavramı ve kullanım alanları, bilgi kuramı, bilginin toplanması, işlenmesi ve paylaşılması, veri bankası oluşturma ve kullanımı, protein ve nükleotid veri tabanlarının incelenmesi, primer dizaynı, nükleotid ve protein dizi analiz sonuçlarının değerlendirilmesi, biyoinformatiğin veteriner hekimliğinde kullanım alanları.
Dersin Ön Koşulu
Bulunmamaktadır
Kaynaklar
Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, New York, 2002. Bioinformatics : A Practical Approach, Shui Qing Ye, Chapman and Hall/CRC, London, 2007. Bioinformatics, ed. Jonathan M. Keith, Humana press, London, 2008.
Notlar
İlgili literatür, ders notları, sunular ve konu ile ilgili video görseller.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Biyoinformatiğin temel kavramlarını öğrenir |
| ÖÇ02 | Biyoinformatik araçlar ve veri tabanları hakkında bilgi sahibi olur. |
| ÖÇ03 | Veteriner Hekimliğinde biyoinformatiğin kullanım alanlarını öğrenir |
| ÖÇ04 | Ders öğrenme çıktısı 1 |
| ÖÇ05 | Ders öğrenme çıktısı 2 |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan türleri ve ırklarını öğrenir, yapısal, işlevsel ve davranış özelliklerini tanır(anatomik, histolojik, fizyolojik, biyokimyasal vb). | |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Farklı hayvan türleri, yetiştirme şekilleri ve beklenen verim özellikleri doğrultusunda sağlıklı yetiştiricilik için bakım-beslenme alternatiflerini belirler ve amaca uygun besleme programları hazırlar. | |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hastalıkların tanı ve tedavi protokollerini belirler. | |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hastalıklardan korunma ve tedavi amacıyla kullanılacak kimyasal ve biyolojik maddeler ile bunların üretim teknolojileri konusunda temel bilgileri öğrenir. | |
| PÖÇ05 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan ırkları arasında verim değerlendirmeleri yapar, gerektiğinde ıslah çalışması yapabilecek düzeyde seleksiyon, melezleme, suni tohumlama bilgisini tekrarlar. | |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvancılık işletmeleri için en uygun yönetim planlamalarını yapar. | |
| PÖÇ07 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan ve hayvan sahiplerinin hakları konusunda bilgi sahibidir. | |
| PÖÇ08 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | İnsan tüketimi için üretilen hayvansal gıdaların ve/veya bileşiminde hayvansal ürün bulunan gıdaların hijyenik üretim, imalat, tüketime sunuluş ve satışlarında yeterli teknoloji bilgisine sahiptir. | |
| PÖÇ09 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Veteriner Hekimliğe ilişkin ulusal ve uluslararası kanun ve yönetmelikleri öğrenir. | |
| PÖÇ10 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Veteriner Hekimliği eğitimi süresince edindiği bilgileri kullanarak ve temel hekimlik ilkelerini gözeterek, hayvancılık işletmeleri, hayvansal gıda üretimi yapan işletmeleri yönetir. | |
| PÖÇ11 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvanlarda olması muhtemel her türlü hastalığı klinik olarak tanır, bu amaca yönelik olarak tanı yöntemlerini kullanır, gerektiğinde tanı materyallerini alır ve yetkili laboratuarlara gönderir ve/veya test eder, hekimliğin tüm yöntemlerini kullanarak (tanı yöntemleri sonuçlarını yorumlama, ilaç ya da operatif uygulamalar gibi) tanısı konulan hastalıkların tedavisini yapar. Bulaşıcı hastalıkların kontrolü amacıyla biyogüvenlik dâhil gerekli önlemleri alır. | 1 |
| PÖÇ12 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Kuramsal olarak belirlenen bakım-besleme protokollerini hazırlar ve kullanır. İşletme ve bölge düzeyinde özellikleri göz önünde bulundurarak, ekonomik yetiştiricilik için gerekli uygulamaları yapar. | |
| PÖÇ13 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | İnsan tüketimi için üretilen hayvansal gıdaların ve/veya bileşiminde hayvansal ürün bulunan gıdaların üretimlerini denetler ve tüketime sunulan nihai gıda maddelerinin sağlık kontrolünü yapar. | |
| PÖÇ14 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Yetki ve sorumlulukların farkında olarak mesleğini icra etme bilincine sahip olur. Bireysel ve grup çalışmalarında sorumluluk alır, alınan görevi becerileri doğrultusunda yerine getirir. | |
| PÖÇ15 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Uzmanlık alanı dışındaki problemlerde diğer uzmanlar ile işbirliği içinde, ekip üyesi olarak çözüme katkıda bulunur. Mesleki paydaşlarla iletişim de olarak, bölgesel veya ulusal düzeydeki ortak sorunlara çözüm üretme çabasındadır. | |
| PÖÇ16 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Bilimsel bilgiyi üretme ve kullanıma sokma metotlarını kavrar. Kazandığı bilgi ve becerileri eleştirel yolla değerlendirerek, alanı ile ilgili edinmesi gereken yeni bilgileri ve bilgi kaynaklarını belirler ve öğrenim gereksinimlerini gidereceği etkinliklere katılır. | |
| PÖÇ17 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Meslek kurul ve kuruluşlarında alanı ile ilgili görevler alır. Mesleki yetenek ve yetkilerinden yola çıkarak toplum bilinciyle sosyal projeler planlar ve hayata geçirir. Halk ve hayvan sağlığını ilgilendiren konularda ilgili kurullarda sorunun tanımlanması ve çözüm önerilerine ilişkin bilgiler verir ve etkinlikler düzenler. | |
| PÖÇ18 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Alanındaki mesleki gelişimini devam ettirir ve sosyal ilişkileri kurabilecek düzeyde (en az Avrupa Dil Portföyü B1 genel düzeyi) en az bir yabancı dili kullanabilir. En az Avrupa Bilgisayar Kullanma Lisansı İleri Düzeyinde bilgisayar yazılımı ile mesleki uygulamalar ve sosyal ilişkiler düzeyinde ihtiyaç duyulabilecek diğer teknolojik araçları kullanır. Dünya gündemini yakından takip eder, olaylara duyarlıdır. | 3 |
| PÖÇ19 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Ülke ve bölge ihtiyaçlarının bilincinde olur, gerektiği takdirde bunları uygulamalarında rehber edinir. İnsan, hayvan ve hayvan sahibinin hakları konusunu tanımlar ve hayvan refahını tüm uygulamalarında gözetir. Hekimlik mesleğinin gereği olan etik değerlere sahiptir, bu değerleri gerektiğinde savunur. İş yeri ve beraberinde çalışan personel açısından iş güvenliği kavramlarına hâkim olur, uygulama ve savunma yeterliliğine sahip olur. Çevre sağlığı kurallarının bilincindedir ve doğayı korumaya yönelik uygulamaları yapar. Çevre, veteriner halk sağlığı ve zoonozlar konularında duyarlı olur. | |
| PÖÇ20 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Veteriner hizmetleri ile ilgili olay ve olguları kavramsallaştırır; bilimsel teknik ve yöntemleri inceler, sonuçları yorumlar; sorunlara yönelik analiz veya yöntem kurgular; elde ettiği verilere göre çözüm ve/veya tedavi alternatifi sunar. Veteriner hizmetleri ile ilgili olarak güncellenen mevzuatları takip eder ve gerektiğinde kullanır. | 5 |
| PÖÇ21 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvanların fizyolojik ve fizyopatolojik durumlarını kavramsal ve olgusal olarak değerlendirebilir. | |
| PÖÇ22 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Hayvan hastalıklarının laboratuvar sonuçlarını (hematolojik, biyokimyasal, EKG, EEG, EMG vb.) değerlendirir, elde ettiği verilere dayalı olarak doğru tanı, teşhis ve tedavi metotlarını uygular. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatik kavramlar ve tarihçe | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap |
| 2 | Biyoinformatiğe giriş | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 3 | Biyoinformatik araçlar | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 4 | Biyoinformatik araçlar - veritabanları | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap |
| 5 | Literatür bilgisi ve genetik araçlar | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Örnek Olay |
| 6 | Veri toplama | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 7 | FASTA ve Genbank dosya formatları | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 8 | Ara Sınav | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım |
|
| 9 | Veteriner hekimliğinde biyoinformatik araçların kullanımı | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap, Anlatım |
| 10 | Pet hayvanları gen veri tabanları | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma |
| 11 | OMIM veri tabanı | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 12 | Çiftlik hayvanları gen veri tabanları | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 13 | Kanatlı hayvan gen veri tabanları | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 14 | Proteomik bilimine giriş | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap |
| 15 | Protein veri tabanları | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi |
|
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 1 | 14 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 1 | 14 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 2 | 2 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 4 | 4 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 34 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 1,36 | ||
| AKTS | 1 AKTS | ||