TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | BT507 |
| Ad | Mikrodizilerin İstatistik Analizi |
| Dönem | 2023-2024 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Güz |
| Süre (T+U) | 3-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Yüksek Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. ZEYNEL CEBECİ |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Güncel dönem ders programı henüz yapılmamıştır. |
Dersin Amacı / Hedefi
Bu ders, mikrodizi görüntülerinin işlenmesi, İyileştirilmesi ve istatistik analizi ile ilgili konuları öğretmek amacındadır.
Dersin İçeriği
Bu ders, mikrodizi görüntülerinin işlenmesi, İyileştirilmesi ve istatistik analizi ile ilgili konuları içermektedir.
Dersin Ön Koşulu
Ön koşul yok
Kaynaklar
Brazma, A., Causton, H. C., & Quackenbush, J. (2003). Microarray Gene Expressions Data Analysis: A Beginner's Guide. Blackwell Pub. Cebeci, Z. (2020). Veri Biliminde R ile Veri Önişleme. Nobel Akademik Yayıncılık, ISBN: 9786254060755
Notlar
Lei, G. (2008). Tutorial: analysing Microarray data using BioConductor. URL http://www.mas.ncl.ac.uk/~ngl9/topics/inotes/TutorialMicroarrayAnalysis.pdf
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Mikrodizilerle ilgili temel kavramları öğrenir. |
| ÖÇ02 | Mikrodizi teknolojilerini öğrenir. |
| ÖÇ03 | Mikrodizi verilerinin istatistik analizini yapar. |
| ÖÇ04 | Mikrodizi istatistik analiz sonuçlarını yorumlar. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar. | |
| PÖÇ02 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi teşhis eder, araştırma yöntemlerini kullanarak çözer. | 1 |
| PÖÇ03 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlar ve yeni bilgiler oluşturur. | 3 |
| PÖÇ04 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Alanı ile ilgili uygulamalarda karşılaşılan ve öngörülemeyen karmaşık sorunların çözümü için yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir ve sorumluluk alarak çözüm üretir. | 1 |
| PÖÇ05 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir. | |
| PÖÇ06 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunlarını çözmek ve araştırma yöntemlerini kullanarak gerekli düzeyde iletişim kurar. | 4 |
| PÖÇ07 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Biyoteknoloji alanında bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirebilme ve derinleştirebilme yetisini kazanır | 5 |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar. | |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Biyoteknolojik ürün elde edilirken dikkat edilmesi gereken etik kuralları bilir. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Mikrodizi analizine giriş | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 2 | Mikrodizi türleri | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 3 | Mikrodizi verilerinin ön işlenmesi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 4 | Mikrodizi verilerinin normalleştirilmesi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 5 | Mikrodizi verilerinin görselleştirilmesi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 6 | Mikrodizi verilerin okunması ve disk dosyalarına yazılması | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 7 | Eksik ve aykırı verilerin düzenlenmesi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Gösterip Yaptırma, Anlatım |
| 8 | Ara Sınav | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Ödev, Sözlü Sınav |
| 9 | R ile mikrodizi analizine giriş | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım |
| 10 | Bioconductor'de R paketlerinin araştırılması ve indirilmesi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım |
| 11 | marray ile mikrodizi analizi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım |
| 12 | Limma ile mikrodizi analizi | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Anlatım |
| 13 | Farklı ifade olan genlerin seçilmesi için doğrusal modeller | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 14 | Büyük ölçekli gen ifadesi denemelerinde çoklu testler | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 15 | Genler ve örneklemlerdeki desenleri arama | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama, Anlatım |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 5 | 70 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 15 | 15 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 30 | 30 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 157 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,28 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||