TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | BK584 |
| Ad | Bitki ve Patojenlerin Genom Analizleri |
| Dönem | 2023-2024 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | . Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 2-2 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. MUKADDES KAYIM |
Dersin Amacı / Hedefi
Bitkilerde patojenle ilişkili genlerin yapılarını incelemek, patojenlerin nükleotid dizilerine göre sınıflandırılması, Patojenleri teşhis etmek için serolojik yöntemler geliştirmede protein gen dizilerini belirlemek, bitki ve patojenlerin genetik soy ağaçlarını oluşturmak
Dersin İçeriği
Bitkilerdeki dayanıklılık ile ilişkili genlerin biyoinformatik analizlerle belirlenmesi, genlerin nükleotid dizileri, organizasyonu, patojenlerin genom yapıları ve nükleotid dizileri, protein motifleri, nukleotid dizilerine göre soy ağaçları
Dersin Ön Koşulu
Yoktur
Kaynaklar
Phylogenetic Trees Made easy: A How to manual 5. Baskı Barry G. Hall 2022
Notlar
Ders notları
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Soy ağacı nedir, bir soy ağacının nasıl tahmin edildiğini, neden patojenler için soy ağacı oluşturulduğunu öğrenir. |
| ÖÇ02 | Bitki ve pattojenler için dizileri hizalamada kullanılan metodları ve yazılım programlarını kullanmayı öğrenir |
| ÖÇ03 | Filogenetik ağaçları tahmin etmede ana yöntemleri kullanmayı ve karşılaşılan sorunları nasıl çözüleceğini öğrenir. |
| ÖÇ04 | Benzer genleri araştırmak için veritabanı kullanımını öğrenir |
| ÖÇ05 | Protein yapısını ve dizilerini sınıflandırmak için kullanılan terimleri öğrenir. Mevcut hizalama modellerini ve proteinler için veri tabanını öğrenir. |
| ÖÇ06 | Dünyada farklı veri bankalarındaki gen dizi ve proteinlerle nasıl karşılaştırma ve analiz yapmayı öğrenir. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Temel bilim, genel ziraat mühendisliği, bitkisel üretimle ilgili temel konularda bilgi sahibi olur. | 2 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Kültür bitkilerinde verim kaybına neden olan hastalık, zararlı ve yabancı otların biyolojisi, ekolojisi, sistematiği ve mücadele yöntemlerini öğrenir. | 1 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Kültür bitkilerinde verim kaybına neden olan hastalık, zararlı ve yabancı otların tanısı, biyolojisi ve mücadelesini uygulamalı olarak öğrenir. | 4 |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Bitki koruma problemlerini kavrar, bilimsel yöntemlerle çözümü için gerekli beceriyi kazanır. | |
| PÖÇ05 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Laboratuvar kullanma, analiz yapma ve sonuçları değerlendirme, yorumlama ve rapor yazma becerisi kazanır. | 3 |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Bitki koruma problemlerine karşı uygun mücadele yöntemlerini seçerek, pratikte doğru kullanımını sağlar. | |
| PÖÇ07 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Gerekli teknolojileri kullanarak bilgiye ulaşır, bunları sentezleyerek sözlü sunumlar yapar. | 5 |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanıyla ilgili problemleri belirleme ve bunların çözümünde üst düzey bilimsel araştırma yöntemlerini kurgulama ve kullanma becerisi kazanır. | |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı veya projeyi bağımsız olarak yürütebilme, pratikte karşılaşılan sorunların çözümü için yeni yaklaşımlar geliştirebilme ve sorumluluk alarak çözüm üretebilme | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanıyla ilgili problemleri belirleme ve bunların çözümünde üst düzey bilimsel araştırma yöntemlerini kurgulama ve kullanma becerisi kazanır | |
| PÖÇ11 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Genelde bitki koruma, özelde uzmanlık alanındaki bilgileri geliştirebilir, derinleştirebilir, bilime yenilik getirecek ve özgün sonuçlara ulaşacak çalışmalar yapma ve yaptırma yetisi kazanır. | |
| PÖÇ12 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Özgün buluş, görüş, yaklaşım ve önerilerini uzmanlardan oluşan topluluklar önünde savunabilir, etkili iletişim kurarak tartışabilir. | |
| PÖÇ13 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Bitki Koruma ile ilgili konuları diğer bilim alanları ile ilişkilendirebilir, yeni ve karmaşık fikir, olay ve olguların değerlendirmesinde uzmanlık gerektiren bilgileri etkin biçimde kullanır. | |
| PÖÇ14 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Bitki koruma alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal ve kültürel ilerlemelerin; bilgi toplumu oluşturma, bilimsel yöntemlerle sorun çözme ve karar aşamalarında etkin görevler üstlenebilir. | |
| PÖÇ15 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Bitki Koruma alanında edindiği bilgi ve deneyimlerini, üretim alanında karşılaştığı problemlerin çözümünde kullanır, kamu ve özel kuruluşlarda görev alır veya danışmanlık hizmeti verir. | |
| PÖÇ16 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Elde ettiği araştırma ve proje sonuçlarını rapor/tez haline dönüştürebilme ve bunları uluslararası toplantılarda ve dergilerde sunabilme ve yayınlayabilme becerisi kazanır. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Soy ağacı nedir, bir soy ağacı nasıl tahmin edilir | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 2 | Neden patojenler için soy ağacı oluşturulur | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 3 | Dizilerin fasta formata alınması | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri |
| 4 | Dizileri hizalama | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri |
| 5 | Filogenetik ağaçları tahmin etmek için ana yöntemler | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri, Tartışma |
| 6 | Yan dalları birleştirme | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri |
| 7 | Filogenetik ağaçların çizilmesi | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama |
| 8 | Ara Sınav | Yazılı sınava ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 9 | Parsimony, Azami olasılık, MrBayes kullanarak ağaçların Bayesci çıkarımı | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri |
| 10 | Atalara ait dizilerin yeniden yapılandırılması | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri |
| 11 | Uyarlanabilir evrimi tespit etmek | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri, Gösterip Yaptırma |
| 12 | Benzer genleri araştırmak için veritabanı kullanımı | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri, Gösterip Yaptırma |
| 13 | Protein yapısını ve dizilerini sınıflandırmak için kullanılan terimler | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap |
| 14 | Proteinler için uygun eşleştirme modelleri ve veri tabanları | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri, Gösterip Yaptırma |
| 15 | Örneklerle soy ağaçları oluşturma | Ders notlarından ve sunulardan çalışılacak. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösterip Yaptırma |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Yazılı sınav için ders notlarından ve sunulardan çalışmak. | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Yazılı sınav için ders notlarından ve sunulardan çalışmak. | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 4 | 56 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 1 | 2 | 2 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 12 | 12 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 28 | 28 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 154 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,16 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||