TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | ST0030 |
| Ad | Uygulamalı Numerik Ekoloji-1 |
| Dönem | 2023-2024 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | . Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 2-2 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Yüksek Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. SİNAN MAVRUK |
Dersin Amacı / Hedefi
Numerik ekoloji, komünitelerin ve tür topluluklarının ekolojisini sayısal metotlarla inceleyen alt disiplindir. Bu ders kapsamında komünitelerin yapısı, biyoçeşitliliği ve çevresel koşullarla ilişkilerini analiz etmek ve yorumlamak amacıyla kullanılan istatistiksel yöntemler ele alınacaktır. Yöntemlerin teorik arka planları ve varsayımlarına kısaca değindikten sonra, açık kaynaklı bir istatistiksel hesaplama ortamı olan R yazılımı ile “vegan” kütüphanesi ve “BiodiversityR” grafiksel kullanıcı ara yüzleri kullanılarak uygulamalar yapılacaktır. Derse katılmak için ekoloji, istatistik ve hipotez testleri hakkında temel düzeyde bilgi sahibi olmak yeterli olup, ihtiyaç duyulan R becerileri ders kapsamında aktarılacaktır.
Dersin İçeriği
Temel R kullanımı, komunite, tür toplulukları ve habitat kavramları, ekolojik verinin temel özellikleri, komunite ve çevresel koşullar matrislerinin oluşturulması, biyoçeşitlilik kavramı, zenginlik, düzenlilik, baskınlık ve nadirlik kavramları, tür kompozisyonunun benzerliği ve benzerlik matrisleri, benzerlik indeksleri, kümeleme analizleri, Simprof analizi, kısıtlanmamış ordinasyon teknikleri, temel bileşenler analizi (PCA), çok boyutlu ölçeklendirme analizi (MDS), metrik olmayan çok boyutlu ölçeklendirme analizi (NMDS), uyum analizi (CA), biyoçeşitlilik profilleri, indikatör türlerin belirlenmesi, baskın türler, karakteristik türler, rank-bolluk eğrileri, Simper analizi, tür toplulukları üzerinde etkili çevresel koşulların incelenmesi, Anosim, Permanova, kısıtlı ordinasyon teknikleri, redundancy analizi (RDA), kısıtlı uyum analizi (CCA), kısıtlı temel koordinatlar analizi (CAP), kısıtlı ordinasyon analizlerinde model seçimi, doğrulanması ve sonuçların sunulması
Dersin Ön Koşulu
Temel istatistik ve hipotez testleri üzerine ders almış olmak, genel ekoloji üzerine ders almış olmak.
Kaynaklar
Borcard D, Gillet F, Legendre P. 2011. Numerical Ecology with R. Kindt R, Coe R. 2005. Tree diversity analysis: A manual and software for common statistical methods for ecological and biodiversity studies. World Agroforestry Centre: Nairobi, Kenya. Magurran A. 2004. Measuring biological diversity. Odum EP, Barrett, GW, 2008. General Principles of Ecology.
Notlar
Clarke KR, Somerfield PJ, Gorley RN. 2008. Testing of null hypotheses in exploratory community analyses: similarity profiles and biota-environment linkage. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 366: 56–69.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Temel R kullanımı hakkında bilgi sahibi olur |
| ÖÇ02 | Komunite ekolojisinin temel kavramları hakkında bilgi sahibi olur |
| ÖÇ03 | Biyoçeşitlilik, zenginlik, baskınlık kavramlarını anlar ve sayısal olarak tanımlar |
| ÖÇ04 | Tür kompozisyonunun benzerliğini inceleyerek tür topluluklarını tanımlar |
| ÖÇ05 | Farklı kümeleme ve ordinasyon analizleri arasında seçim yapabilir ve bu analizleri uygulayabilir |
| ÖÇ06 | Tür topluluklarını karakterize eden türleri sayısal metotlarla belirleyebilir |
| ÖÇ07 | Tür topluluklarının değişimi üzerinde etkili çevresel koşulları inceleyebilir |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanındaki kuramsal ve uygulamalı bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir ve derinleştirir. | 3 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili disiplinler arası etkileşimleri kavrar. | 4 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Su Ürünleri Temel Bilimlerinde uzmanlaştığı alan ile ilgili stratejileri belirler; yöntem ve teknikleri ölçme ve değerlendirme bilgisine sahip olur. | 2 |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Su Ürünleri Temel Bilimlerinde uzmanlaştığı kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanarak, farklı disiplinler arası bilgileri sentezler, yorumlar, yeni bilgi ve teoriler üretir. | 2 |
| PÖÇ05 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanında veri toplar, sonuçları değerlendirir; araştırma yöntemlerini kullanarak, neden-sonuç ilişkisi kurup, sorunlara çözüm önerileri geliştirir. | 5 |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak planlar, projelendirir ve yürütür. | 4 |
| PÖÇ07 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Uzmanlaştığı alan ile ilgili uygulamalarda ortaya çıkabilecek sorunların çözümü için bireysel veya ekip üyesi olarak yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir, sorumluluk alarak çözüm üretir. | 4 |
| PÖÇ08 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili öğrenme gereksinimlerini belirler, kaynaklara ulaşır, bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmeyi yönlendirecek deneyim kazanır. | 3 |
| PÖÇ09 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanında edindiği teorik ve uygulamalı bilgi ve becerilerle yaşam boyu öğrenmeye ilişkin olumlu tutum geliştirir ve toplum yararına kullanır. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili gelişmeleri takip eder, çalışma ve araştırmalarını yazılı, sözlü ve görsel olarak aktarır; alanında toplumsal bilinç oluşumuna katkı sağlar. | |
| PÖÇ11 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanı ile ilgili yazılı ve sözlü etkin iletişim kurar, seminer ve toplantıları izler, eleştirir. | 3 |
| PÖÇ12 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Yabancı dil bilgilerini kullanarak yurt dışı kaynaklı yayınları izler, sözlü ve yazılı iletişim kurar. | 3 |
| PÖÇ13 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Çalışma alanında gereksinim duyduğu bilgisayar yazılımı ile bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır. | 5 |
| PÖÇ14 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Uygulama alanı ile ilgili verilerin bilimsel yönden değerlendirilmesi ve yayınlanması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlere uygun hareket eder, denetler ve bu değerleri öğretir. | 5 |
| PÖÇ15 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanında bilimsel ve teknolojik gelişmeleri takip ederek strateji, politika ve uygulama planları geliştirir; elde ettiği sonuçları toplam kalite yönetimi süreçleri çerçevesinde toplum yararına değerlendirir ve yaygınlaştırır. | 2 |
| PÖÇ16 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Yüksek lisans eğitimi sürecinde edindiği bilgi ve deneyimlerle, uygulama ve problem çözme becerilerini disiplinler arası çalışmalarda kullanır. | 2 |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | R ortamı ve grafiksel kullanıcı arayüzleri hakkında temel bilgiler | Öğrenci bilgisayarına R terminali ile R Commander ve R Studio grafiksel kullanıcı ara yüzlerini yükleyecektir. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Problem Çözme, Alıştırma ve Uygulama |
| 2 | Komunite, tür toplulukları ve habitat kavramları | Odum ve Barrett, 2008 sf 282-336 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 3 | Ekolojik verinin temel özellikleri, komunite ve çevresel koşullar matrislerinin oluşturulması | Kindt ve Coe, 2005 sf 19-39; Borcard ve ark., 2011 sf 1-53 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme |
| 4 | Zenginlik, çeşitlilik, düzenlilik ve baskınlık | Kindt ve Coe, 2005 sf 39-71; Magurran, 2005 -sf 1-17 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme |
| 5 | Tür kompozisyonunun benzerliği ve benzerlik matrisleri | Kindt ve Coe, 2005 sf 123-139 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme |
| 6 | Tür topluluklarının kümeleme analizleri ve Simprof analizi ile tanımlanması | Kindt ve Coe, 2005 sf 139-153; Borcard ve ark., 2011 sf 53-115, Clarke ve ark., 2008 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme |
| 7 | Tür topluluklarının kısıtlanmamış ordinasyon analizleri ile tanımlanması (PCA, NMDS, CA) | Kindt ve Coe, 2005 sf 153-171; Borcard ve ark., 2011 sf 115-149 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Problem Çözme, Bireysel Çalışma |
| 8 | Ara Sınavlar | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
|
| 9 | Tür topluluklarının karakteristik özellikleri (çeşitlilik profilleri) | Kindt ve Coe, 2005 sf 39-71 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Problem Çözme, Bireysel Çalışma |
| 10 | Baskın ve karakteristik türlerin belirlenmesi (Rank-bolluk eğrileri, Simper analizi) | Kindt ve Coe, 2005 sf 39-71; Magurran, 2005 sf 18-71 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Problem Çözme |
| 11 | Tür toplulukları üzerinde etkili çevresel koşulların incelenmesi (Anosim, Permanova) | Kindt ve Coe, 2005 sf 171-196; Borcard ve ark., 2011 sf 153-224 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Problem Çözme |
| 12 | Tür toplulukları üzerinde etkili çevresel koşulların incelenmesi – kısıtlı ordinasyon analizleri (RDA, CCA, CAP) | Kindt ve Coe, 2005 sf 171-196; Borcard ve ark., 2011 sf 153-224 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Proje Temelli Öğrenme , Problem Çözme |
| 13 | Kısıtlı ordinasyon analizlerinde model seçimi, doğrulanması ve sonuçların sunulması | Borcard ve ark., 2011 sf 153-224 | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Problem Çözme |
| 14 | Örnek Uygulama-1 | Örnek veri bulunacaktır | Öğretim Yöntemleri: Proje Temelli Öğrenme |
| 15 | Örnek Uygulama-2 | Örnek veri bulunacaktır | Öğretim Yöntemleri: Proje Temelli Öğrenme |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ölçme Yöntemleri: Performans Değerlendirmesi |
|
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ölçme Yöntemleri: Performans Değerlendirmesi |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 4 | 56 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 1 | 2 | 2 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 12 | 12 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 28 | 28 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 154 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,16 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||