TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | ZO615 |
| Ad | Biyoinformatiğe Giriş |
| Dönem | 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Güz |
| Süre (T+U) | 4-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 4 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. ZEYNEL CEBECİ |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Prof. Dr. ZEYNEL CEBECİ
(A Grubu)
(Sor. Öğr. Ele.)
|
Dersin Amacı / Hedefi
Bu ders, biyoinformatikle ilgili veritabanları, ikili ve çoklu dizi hizalama yöntemleri, filogenetik ağaçların oluşturulması, görselleştirme, istatistik analizle ilgili konuları öğretmeyi amaçlamaktadır.
Dersin İçeriği
Bu ders, biyoinformatikle ilgili veritabanları, ikili ve çoklu dizi hizalama yöntemleri, filogenetik ağaçların oluşturulması, görselleştirme, istatistik analizle ilgili konuları kapsamaktadır.
Dersin Ön Koşulu
Ön koşul yok
Kaynaklar
Şakiroğlu, M. (2020). Genomik Analiz İçin Biyoinformatik Yöntemler. Palme Yayınevi, ISBN 9786052825419.
Notlar
Lesk, A. (2019). Introduction to bioinformatics. Oxford university press.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Biyolojik bilgiyle ilgili kavram ve terimleri öğrenir. |
| ÖÇ02 | Biyolojik bilgi ile ilgili veritabanlarını kullanır. |
| ÖÇ03 | Gen ve protein hizalama algoritmalarını öğrenir. |
| ÖÇ04 | Filogenetik ağaçları çizip yorumlar. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Lisans eğitimi sonrası, hayvan yetiştirme ve ıslahı, yemler ve hayvan besleme, biyometri ve genetik bilim dallarından birinde bilgi birikimini artırır | 3 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Farklı disiplinler arasındaki etkileşimi kavrar | 1 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Zootekni bilim alanı için stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve bölgesel, ulusal ya da uluslararası çözüm üreteilme becerisini kazanır | |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Zootekni bilimindeki verileri kullanarak bilimsel yöntemlerle bilgiyi geliştirebilme, bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk bilinci ile bu bilgileri kullanabilme becerisini kazanır | 2 |
| PÖÇ05 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Zootekni bilim alanının gerektirdiği bilgisayar yazılım ve donanım bilgisi ile bilişim teknolejilerini kullanabilme ve geliştirebilme becerisini kazanır | 5 |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Kendi çalışmalarını ya da Zootekni bilim alanındaki güncel gelişmeleri alanındaki veya diğer bilim alanlarındaki gruplara yazılı, sözlü ve görsel olarak aktarabilme becerisini kazanır | |
| PÖÇ07 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvansal ürünlerin kalite süreçlerini değerlendirme becerisini kazanır | |
| PÖÇ08 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvansal üretimin, değişen ekonomik ve toplumsal koşullara uygun şekilde dinamik kalmasını sağlayacak yeteneği kazanır | |
| PÖÇ09 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Ulusal ve uluslararası güncel sorunları takip edebilme, yaşam boyu öğrenme, bilim ve teknoloji alanındaki gelişmeleri izleyebilme, kendini sürekli olarak yenileyebilme ve yenilikleri hayvansal üretime aktarabilme becerisini kazanır | |
| PÖÇ10 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvansal ürünler ile insan sağlığı ve toplum refahı arasındaki ilişkiyi özümser |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğe giriş | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 2 | Biyolojik bilgi ve veritabanları | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 3 | İkili dizi hizalama | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 4 | Veritabanlarında benzerlik sorgulamaları | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 5 | Çoklu dizi hizalama | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 6 | Gen ontolojileri ve veritabanları | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 7 | Filogenetik ağaçların oluşturulması | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 8 | Ara Sınav | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Ödev |
| 9 | Protein yapısına giriş | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 10 | Protein yapısının modellenmesi ve görselleştirme | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 11 | Genom haritalama | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 12 | R ve R'de biyoinformatikle ilgili paketlerin araştırılması ve kurulması | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Alıştırma ve Uygulama |
| 13 | Durum çalışması (1) | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Gösterip Yaptırma |
| 14 | Durum çalışması (2) | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Gösterip Yaptırma |
| 15 | Durum çalışması (3) | İnternette konu ile ilgili öğreticiler, ders sunumları, ders notları ve kitaplar gibi öğrenme kaynaklarını araştırmak, okumak, alıştırma problemleri çözmek | Öğretim Yöntemleri: Gösterip Yaptırma |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sınava hazırlık | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 4 | 56 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 4 | 56 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 12 | 12 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 28 | 28 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 152 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,08 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||