TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | BT0135 |
| Ad | Parazit Sistematiğinde Filogenetik Uygulamalar |
| Dönem | 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Güz |
| Süre (T+U) | 3-2 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 4 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Prof. Dr. ARMAĞAN ERDEM ÜTÜK |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Prof. Dr. ARMAĞAN ERDEM ÜTÜK
(A Grubu)
(Sor. Öğr. Ele.)
|
Dersin Amacı / Hedefi
Bu dersin amacı öğrencinin filogenetiğin mantığını öğrenerek bunu parazitlerin sınıflandırmasında kullanabilmesini sağlamaktır.
Dersin İçeriği
Bu ders kapsamında parazitlerin sınıflandırılmasında kullanılan moleküler markörlerin seçimi, primer dizaynı, DNA dizinlerinin elde edilmesi, dendogramların düzenlenmesi, çoklu dizin analizleri, işlenmiş verilerin veri bankalarında karşılaştırılması, haplotip analizleri, uygun evrim modellerinin seçimi, doğru filogenetik ağaçların oluşturulması ve yorumlanması yer almaktadır.
Dersin Ön Koşulu
YOKTUR
Kaynaklar
Öğretim üyesi tarafından hazırlanan ders notları ve sunular kullanılacaktır
Notlar
Bowman DD. Georgis Parasitology for Veterinarians.10th ed. Elseiver; 2014. p. 326-398.Taylor MA, Coop RL, Wall RL, Veterinary Parasitology. 4th ed. Wiley Blackwell; 2016. Zajac AM, Conboy GA, Veterinary Clinical Parasitology. 8th ed. John Wiley and Sons, Inc; 2012. Freeman S, Herron JC, Evrimsel Analiz. Çıplak, B, Başıbüyük H, Karaytuğ, S, Gündüz, İ. (eds). Palme Yayıncılık, Ankara, 2009. Lemey P, Salemi M, Vandamme AM, The Phylogenetic Handbook, A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Cambridge University Press, 2009. Pevsner J, Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Blackwell, 2009. Xıong J, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Öğrenciler filogenetik ağaçlar oluşturabilir. |
| ÖÇ02 | Öğrenciler oluşturdukları filogenetik ağaçları yorumlayabilir. |
| ÖÇ03 | Öğrenciler çoklu dizin analizleri için doğru algoritmaları seçip, doğru substitisyon modellerini belirleyebilir. |
| ÖÇ04 | Öğrenciler DNA dizilerini düzenleyebilir, veri tabanlarında karşılaştırabilir. |
| ÖÇ05 | Öğrenciler moleküler markörlerin amplifikasyonu için primer tasarımı yapabilir. |
| ÖÇ06 | Öğrenciler parazitlerin sınıflandırmasında kullanılan doğru moleküler markörleri bilir. |
| ÖÇ07 | Öğrenciler parazitlerin sınıflandırmasını öğrenir. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Yüksek lisans yeterliliklerine dayalı olarak alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve alanına yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır. | 4 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar; yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır. | 4 |
| PÖÇ03 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanındaki yeni bilgileri sistematik bir yaklaşımla değerlendirir, kullanır ve aktarır. | 3 |
| PÖÇ04 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Yeni ve karmaşık düşüncelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar. | 3 |
| PÖÇ05 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Özgün ve disiplinler arası sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapar. | 3 |
| PÖÇ06 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Alanı ile ilgili en az bir bilimsel makaleyi ulusal ve/veya uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak ve/veya özgün bir yapıt üreterek ya da yorumlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletir. | |
| PÖÇ07 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirir. | 2 |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar. | 3 |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Ulusal ve uluslararası bilimsel araştırma gruplarında bilimsel araştırma yapar. | 2 |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar. | 2 |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Büyük Patlama ve Maddenin evrimi | 1. Evrimsel Analiz 2. The Phylogenetic Handbook 3.Bioinformatics and Functional Genomics 4.Essential Bioinformatics | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap, Tartışma, Anlatım |
| 2 | Parazit hücrelerinin yapısı | Bowman DD. Georgis Parasitology for Veterinarians.10th ed. Elseiver; 2014. p. 326-398. Taylor MA, Coop RL, Wall RL, Veterinary Parasitology. 4th ed. Wiley Blackwell; 2016. | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap, Anlatım |
| 3 | Parazitlerin sınıflandırılması | Bowman DD. Georgis Parasitology for Veterinarians.10th ed. Elseiver; 2014. p. 326-398. Taylor MA, Coop RL, Wall RL, Veterinary Parasitology. 4th ed. Wiley Blackwell; 2016. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap |
| 4 | Makro ve mikro evrim mekanizmaları | 1. Evrimsel Analiz 2. The Phylogenetic Handbook 3.Bioinformatics and Functional Genomics 4.Essential Bioinformatics | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 5 | Parazitlerde genom yapısı, nükleik asitler, DNA replikasyonu | 1. Insect Molecular Genetics 2.Moleküler Parazitoloji | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 6 | Transkripsiyon, translasyon, gen İfadesinin kontrolü, genlerin ortaya çıkış mekanizmaları, primer tasarımı | Freeman S, Herron JC, Evrimsel Analiz. Çıplak, B, Başıbüyük H, Karaytuğ, S, Gündüz, İ. (eds). Palme Yayıncılık, Ankara, 2009. Lemey P, Salemi M, Vandamme AM, The Phylogenetic Handbook, A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, Cambridge University Press, 2009. Pevsner J, Bioinformatics and Functional Genomics, Wiley-Blackwell, 2009. Xıong J, Essential Bioinformatics, Cambridge University Press, 2006. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 7 | DNA dizinlerinin düzeltilmesi ve yorumlanması, genetik veri tabanları, BLAST, BLAST sonuçlarının yorumlanması | 1.BOLD (Web Sitesi) 2. NCBI (Web Sitesi) 3.CLC MainWorkbench (PC Programı 4.GeniousPrime (PC Programı) 4.MEGAX (PC Programı) | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma |
| 8 | Soru-cevaplarla konu tekrarı | Soru-cevaplarla konu tekrarı | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme |
| 9 | Çoklu dizin analizinde kullanılan algortimalar, doğru algortimanın seçimi, çoklu dizin analizi için kullanılan bilgisayar programları | 1. Evrimsel Analiz 2. The Phylogenetic Handbook 3.Bioinformatics and Functional Genomics 4.Essential Bioinformatics 5.BOLD (Web Sitesi) 6. NCBI (Web Sitesi) 7.CLC MainWorkbench (PC Programı 8.GeniousPrime (PC Programı) 9.MEGAX (PC Programı) | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma, Problem Çözme |
| 10 | Doğru evrimsel modellerin seçimi ve bu amaçla kullanılan bilgisayar programları | 1. JModel Test (PC Programı) 2. Model Test (PC Programı) 3.MEGAX (PC Programı) 4. CLC MainWorkbench (PC Programı) 5. GeniousPrime (PC Programı) 6. Partition Finder (PC Programı) | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Gösterip Yaptırma, Problem Çözme |
| 11 | Filogenetikte temel kavramlar | 1. The Phylogenetic Handbook 2. Bioinformatics and Functional Genomics 3. Essential Bioinformatics | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma |
| 12 | Filogenetik ağaçlar | 1. The Phylogenetic Handbook 2. Bioinformatics and Functional Genomics 3. Essential Bioinformatics | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Problem Çözme |
| 13 | Filogenetik ağaç oluşturma programları ve program kullanımı (MEGA, GENIOUS) | 1. JModel Test (PC Programı) 2. Model Test (PC Programı) 3.MEGAX (PC Programı) 4. CLC MainWorkbench (PC Programı) 5. GeniousPrime (PC Programı) 6. Partition Finder (PC Programı) | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma, Problem Çözme |
| 14 | Filogenetik ağaç oluşturma programları ve program kullanımı (CLC mainworkbench, PHYLIP, MRBAYES) | 1. JModel Test (PC Programı) 2. Model Test (PC Programı) 3.MEGAX (PC Programı) 4. CLC MainWorkbench (PC Programı) 5. GeniousPrime (PC Programı) 6. Partition Finder (PC Programı) | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma, Problem Çözme |
| 15 | Yarıyıl Final Sınavı | Yarıyıl Final Sınavı | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Ödev, Yazılı Sınav |
| 16 | Yarıyıl Final Sınavı | Yarıyıl Final Sınavı | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev |
| 17 | Yarıyıl Final Sınavı | Yarıyıl Final Sınavı | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Yazılı Sınav, Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 5 | 70 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 5 | 70 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 5 | 5 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 15 | 15 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 160 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,40 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||