TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | Trans602 |
| Ad | DNA Damage and Repair |
| Dönem | 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Güz ve Bahar |
| Süre (T+U) | 3-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 5 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | İngilizce |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Doç. Dr. Yasemin SAYGIDEĞER |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Doç. Dr. Yasemin SAYGIDEĞER
(A Grubu)
(Sor. Öğr. Ele.)
|
Dersin Amacı / Hedefi
The learning objective here is for students to gain an understanding of the major DNA repair pathways in eukaryotic cells, highlighting proteins involved in the cellular responses to ionizing radiation or anti-cancer chemotherapy. We will cover the main DNA repair pathways including base excision repair, mismatch repair, nucleotide excision repair, and DNA single strand and double strand break repair. We will stress the mechanisms of non-homologous end joining and homologous recombination repair. The topics of ATM and ATR dependent signaling, H2AX foci and roles of protein phosphorylation and protein ubiquitination, and the relationship of replication stress to the DNA damage response will be covered, as well has human diseases of genomic instability and cancer predisposition.
Dersin İçeriği
DNA repair pathways, highlighting the cellular responses to ionizing radiation will be covered, including: base excision repair, mismatch repair, nucleotide excision repair, and DNA single strand and double strand break repair. The relationship of replication stress to genomic instability in a cancer context will also be covered, as well has human diseases of genomic instability and cancer predisposition.
Dersin Ön Koşulu
Masters level Molecular Biology knowledge is required
Kaynaklar
Scopus, WOS veri tabanı makaleleri, ve sunum slaytları
Notlar
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?term=DNA+damage+and+repair&filter=pubt.review&size=100
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | The learning objective here is for students to gain an understanding of the major DNA repair pathways in eukaryotic cells, highlighting proteins involved in the cellular responses to ionizing radiation or anti-cancer chemotherapy |
| ÖÇ02 | The students will understand the relationship of replication stress to the DNA damage response will be covered, as well has human diseases of genomic instability and cancer predisposition |
| ÖÇ03 | Students read and understand article related to DNA damage and Repair system |
| ÖÇ04 | They learn the techniques to study DNA damage and Repair pathways |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve translasyonel tıp alanında yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır. | 4 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıbbın ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar; özgün ve yeni fikirleri analiz, sentez eder, değerlendirir. | 3 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, cihaz ve aletlerin kullanımını açıklar. | 3 |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp alanına yönelik yapılan çalışmalarda sürekli olarak kullanılan bir araç olarak istatistik yöntemleri tanımlar, ilgili yazılımları etkili kullanır. | 2 |
| PÖÇ05 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp ile ilgili çalışmalarda kuramsal ve uygulamalı bilgilerini üst düzeyde kullanır. | 2 |
| PÖÇ06 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıbba yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirir ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygular, özgün bir konuyu araştırır, kavrar, tasarlar, uyarlar. | 3 |
| PÖÇ07 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar. | 4 |
| PÖÇ08 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, gereç ve aletleri ileri düzeyde kullanarak gerekli incelemeyi yapar, problemlere yeni yaratıcı çözümler (alet, yöntem, tedavi, ilaç) geliştirir. | 3 |
| PÖÇ09 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp alanındaki istatistik yazılımlarını etkin kullanır, istatistiksel yöntemleri doğru seçer, doğru hesaplar ve doğru yorumlar. | 1 |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Translasyonel Tıp laboratuvarlarının düzenini sürdürür ve laboratuvarda çalışma saatlerinde öngörülmeyen karmaşık durumlarla karşılaşılması halinde çözüm önerileri geliştirir. | 1 |
| PÖÇ11 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Translasyonel tıp ve ilişkili alanlardaki çalışmaları bağımsız veya ekip olarak yürütür. | 4 |
| PÖÇ12 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar ve ulusal/uluslar arası kabul görmüş hakemli bir dergide (SCI, SCI-Expanded, SSCI, or AHCI) kapsamında) yayınlar ve bilimsel toplantılarda sunar. | 2 |
| PÖÇ13 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Kanıta dayalı uygulamaları takip eder ve mesleki uygulamalar ile translasyonel tıp alanında kanıt oluşturacak araştırmalar yapar ve toplumu bilgilendirmek üzere sunar. | 5 |
| PÖÇ14 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Translasyonel Tıp alanı ile ilgili ileri düzeyde mesleki gelişim ve yaşam boyu öğrenme ilkelerini gerçekleştirdiği çalışmalarda uygular. | 3 |
| PÖÇ15 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Translasyonel Tıp alanında uzman veya uzman olmayan gruplarla güncel gelişme ve araştırmalar hakkında yazılı, sözlü ve görsel olarak nicel ve nitel verilerle de destekleyerek etkin bir iletişim kurar. | 4 |
| PÖÇ16 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp ile ilgili bir kavram, konu veya olgunun nasıl öğretilmesi gerektiğini öğrenir. | 3 |
| PÖÇ17 | Belirsiz | Akranlarıyla bir yabancı dili en az Avrupa dili portföyü B2 genel düzeyde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurar. | 5 |
| PÖÇ18 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Translasyonel tıp ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunur ve bu değerlerin gelişimini destekleyerek toplumsal strateji, uygulama planları ve kalite süreçlerinde kullanır. | 1 |
| PÖÇ19 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Etik ilkelerin ve etik kurulların birey ve toplum için önemini bilir, etik davranır. | 5 |
| PÖÇ20 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Toplumun translasyonel tıp konusunda farkındalığının artmasını sağlar. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | The importance of DNA Damage and the repair system | Masters level knowledge of Molecular Biology and Genetics | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap |
| 2 | Basics I: Base and Nucleotide Damage, DNA Mismatches and pathways of repair | Masters level knowledge of Molecular Biology and Genetics | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap |
| 3 | Basics I-2: BER and NER | Masters level knowledge of Molecular Biology and Genetics | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap |
| 4 | Case I Parts 1-3 | Masters level knowledge of Molecular Biology and Genetics | Öğretim Yöntemleri: Örnek Olay |
| 5 | Reviewing Case I parts 1-3 | Masters level knowledge of Molecular Biology and Genetics | Öğretim Yöntemleri: Tartışma |
| 6 | Case I Parts 4-6 | Students will study their cases | Öğretim Yöntemleri: Örnek Olay |
| 7 | Reviewing Case I Parts 4-6 | Students will study their cases | Öğretim Yöntemleri: Tartışma |
| 8 | Ara Sınavlar | Student will prepare homework | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 9 | DNA double strand breaks, intra/interstrand crosslinks and pathways of repair | Articles to read | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap |
| 10 | Student presentations 1 “The checkpoint control of cell cycle” “p53 regulation and cell cycle” | Students will study their articles | Öğretim Yöntemleri: Grup Çalışması |
| 11 | Structural Approaches to understand DNA damage repair | Articles to read | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 12 | Student presentations 2 “Consequences of BRCA 1 and 2 mutations” “FANCs (A B and C) and Fanconi Anemia” | Articles to read | Öğretim Yöntemleri: Grup Çalışması |
| 13 | Article criticism-1 | Articles to read | Öğretim Yöntemleri: Tartışma |
| 14 | Article criticism-2 | Articles to read | Öğretim Yöntemleri: Tartışma |
| 15 | Final homework assignments | literature review | Öğretim Yöntemleri: Tartışma |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Independent study | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Independent study | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 3 | 42 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 12 | 12 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 18 | 18 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 114 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 4,56 | ||
| AKTS | 5 AKTS | ||