TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | VTS142 |
| Ad | Temel Biyoinformatik |
| Dönem | 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | 2. Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 2-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 4 AKTS |
| Yerel Kredi | 2 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Etiket | GK Genel Kültür Dersleri S Seçmeli |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Dr. Öğr. Üyesi SİNAN KANDIR |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Dr. Öğr. Üyesi SİNAN KANDIR
(A Grubu)
(Sor. Öğr. Ele.)
|
Dersin Amacı / Hedefi
Bu ders, öğrencilerin biyoinformatik alanında temel teorik bilgileri edinmelerini ve biyolojik veri kaynaklarına erişim yöntemlerini öğrenmelerini sağlamayı amaçlamaktadır. Özellikle biyolojik veri bankalarının temel kullanım prensiplerini ve veteriner hekimlikteki önemini öğretmek hedeflenmektedir.
Dersin İçeriği
Biyoinformatik kavramı ve kullanım alanları, bilgi kuramı, bilginin toplanması, işlenmesi ve paylaşılması, veri bankası oluşturma ve kullanımı, protein ve nükleotid veri tabanlarının incelenmesi, primer dizaynı, nükleotid ve protein dizi analiz sonuçlarının değerlendirilmesi, biyoinformatiğin veteriner hekimliğinde kullanım alanları.
Dersin Ön Koşulu
Bulunmamaktadır
Kaynaklar
Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, New York, 2002. Bioinformatics : A Practical Approach, Shui Qing Ye, Chapman and Hall/CRC, London, 2007. Bioinformatics, ed. Jonathan M. Keith, Humana press, London, 2008.
Notlar
İlgili literatür, ders notları, sunular ve konu ile ilgili video görseller.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Biyoinformatik alanındaki temel kavramları ve veteriner hekimlikteki uygulamalarını açıklar. |
| ÖÇ02 | Veteriner genetiği ile ilişkili biyoinformatik veri tabanlarını (OMIM, Ensembl, NCBI) tanır. |
| ÖÇ03 | DNA ve protein dizi analizlerinin temel prensiplerini açıklar. |
| ÖÇ04 | FASTA, GenBank gibi biyolojik veri formatlarını tanımlar. |
| ÖÇ05 | BLAST gibi yaygın kullanılan biyoinformatik yazılımlarının temel işlevlerini açıklar. |
| ÖÇ06 | Biyoinformatik verilerinin yorumlanması konusunda temel beceriler geliştirir. |
| ÖÇ07 | Veteriner hekimlikte biyoinformatik uygulamalarını tanımlar ve veri tabanlarının kullanımını açıklar. |
| ÖÇ08 | Biyoinformatikte etik kurallar ve veri güvenliği konularında bilinç kazanır. |
| ÖÇ09 | Veteriner biyoinformatik uygulamalarına yönelik güncel gelişmeleri takip eder. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan türleri ve ırklarını, yapısal (morfolojik), işlevsel (fizyolojik, biyokimyasal) ve davranış özellikleri ile gıda amaçlı tüketilip tüketilmeyeceğini ayırt eder. | |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | İlaçların kaynaklarını, fiziksel ve kimyasal özellikleri ile hazırlanışlarını açıklar. | |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | İlaçların hastalar üzerindeki etkilerini ve yan etkilerini tanımlar | |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan hastalıklarının oluşum mekanizmalarını ve vücutta meydana getirdiği patolojik etkilerini söyler. | |
| PÖÇ05 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan ırkları arasında verim değerlendirmeleri yapar, gerektiğinde ıslah çalışması yapabilecek düzeyde seleksiyon, melezleme ve suni tohumlama yapar. | |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Ölü hayvan materyali, doku örneği, tıbbi ve kimyasal atıkların uluslararası, ulusal kanun ve yönetmeliklere göre uygun şekilde bertaraf eder. | |
| PÖÇ07 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Klinikte muayene, operasyon vb uygulamaları topografik anatomiye göre değerlendirerek hastaya doğru yaklaşım alanını belirler. | |
| PÖÇ08 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Elde edilen bilgileri neden-sonuç ilişkileriyle değerlendirerek teşhis süreçlerinde biyokimyasal parametreleri kullanır | 2 |
| PÖÇ09 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Kendi mesleki alanında bilimsel bilgiyi üretme ve kullanıma sokma metotlarını kavrar. | 4 |
| PÖÇ10 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Bulaşıcı hastalıkların kontrolü amacıyla biyo güvenlik dâhil gerekli önlemleri uygular. | |
| PÖÇ11 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Ölü hayvanlarda bulguları değerlendirmek için nekropsi yaparak dokuları uygun saklama yöntemlerine göre gerekli laboratuvara yönlendirerek rapor hazırlar. | 1 |
| PÖÇ12 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan türlerinde cerrahi hastalıkların başlıca tedavi yöntemlerine göre post operatif süreçte hastaları izler. | |
| PÖÇ13 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan türlerine göre güvenli bir şekilde sedasyon, anestesi ve ağrı yönetimi yöntemlerini uygular. | |
| PÖÇ14 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Klinik ile laboratuvar ekipmanlarını ve giysilerinin sterilizasyonu gibi biyogüvenlik prensiplerini doğru şekilde uygular. | |
| PÖÇ15 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan türlerine göre bakım-besleme protokollerini düzenleyerek insan tüketimi için üretilen hayvansal gıdaların veya bileşiminde hayvansal ürün bulunan gıdaların tüketimini denetler. | |
| PÖÇ16 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan hastalıklarının laboratuvar sonuçlarını değerlendirir, elde ettiği verilere dayalı olarak doğru tanı, teşhis ve tedavi metotlarını uygular. | |
| PÖÇ17 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Yetki ve sorumlulukların farkında olarak mesleğini icra etme bilincine sahip olur. | |
| PÖÇ18 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Veteriner hizmetleri ile ilgili olgulara göre bilimsel teknik ve yöntemleri inceler ve sorunlara yönelik analiz veya yöntemsel sorumluluk alır. | 3 |
| PÖÇ19 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | İnsan tüketimi için üretilen hayvansal gıda maddelerinin sağlık kontrolünü yaparak gıdaların hijyenik üretim, imalat, işleme, tüketime sunuluş ve satışlarında yeterli teknolojiyi kullanır. | |
| PÖÇ20 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Kendi mesleki alanında bilimsel bilgiyi üretme ve kullanıma sokma metotlarını listeler. | 5 |
| PÖÇ21 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Veteriner hizmetleri ile ilgili olarak güncellenen mevzuatları gerektiğinde kullanır. | |
| PÖÇ22 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Görüntüleme yöntemlerinin tanı koymadaki katkısını ve radyasyon güvenliğini mevcut yönetmeliklere göre uygulayarak vakaya uygun bir muayene yapar. | |
| PÖÇ23 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Klinik ve hasta kayıtlarını düzgün ve bilimsel yöntemlerle tutar. | |
| PÖÇ24 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Temel hekimlik ilkelerini gözeterek hayvansal üretim yapan işletmeleri yönetme yöntemlerini ve uygun yönetim planlarını yapar. | |
| PÖÇ25 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Bilgisayar kullanma lisansı, ileri düzeyde bilgisayar yazılımı ile mesleki yetenek ve yetkilerinden yola çıkarak toplumsal bilinçle sosyal projeler ve planları hayata geçirir. | 4 |
| PÖÇ26 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Mesleki etik ve deontoloji kuralları çerçevesinde dünya gündemini takip ederek diğer meslektaşları ile işbirliği içinde çalışır. | |
| PÖÇ27 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanına özgü sorunlara bilimsel veriler/kanıtlar doğrultusunda çözüm üretir. | 3 |
| PÖÇ28 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Veteriner Hekimlik mesleğinin etik değerlerine sahip olarak bu değerlerini savunur. | |
| PÖÇ29 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Zoonoz ve ihbarı mecburi hastalıkları klinik tanıyarak uygun önlemleri alır | |
| PÖÇ30 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Farklı hayvan türlerinde hastalıkların tanı, korunma, tedavi ve operasyon yöntemlerini belirler. | |
| PÖÇ31 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Acil vakalarda tüm hayvanlara müdahale ederek ilk yardım yöntemlerini uygular. | |
| PÖÇ32 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Evcil Hayvanların fiziksel durumunu refahını ve yetiştirme koşullarını değerlendirerek, hayvan sahipleri ve meslektaşları ile uygun bir şekilde iletişim kurarak, hayvan yetiştirme ilkeleri ve ıslah hakkında yargıya varır. | |
| PÖÇ33 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Mesleki gelişim ve yeteneklerini sürdürmek için Veteriner Hekimliği ile ilgili diğer bilim alanlarında yayınlanan makale ve sunumları bağımsıza olarak yorumlar. | |
| PÖÇ34 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Gerekli durumlarda uygun yöntemler kullanarak ve hayvan sahiplerinin duygularına saygılı bir şekilde ötenazi yapar. | |
| PÖÇ35 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | İş yeri ve beraberinde çalışan personel açısından iş güvenliği kavramlarına hâkim olarak, uygulama ve savunma yeterliliğine sahip olur. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğin temel kavramları ve giriş | Ders kaynaklarının incelenmesi | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 2 | Biyoinformatik araçları ve temel algoritma | Biyoinformatik hakkında temel okuma, kaynakları inceleme. | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap |
| 3 | Biyoinformatik araçlar - gen veri tabanları | Web-tabanlı biyoinformatik araçları inceleme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma |
| 4 | Biyoinformatik araçlar - omik veritabanları | Biyoinformatik araçları araştırma ve kullanma | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma |
| 5 | Literatür bilgisi ve güncel biyoinformatik araçlar | Biyoinformatik alanında literatür inceleme, -omik veri tabanlarını kavrama | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Örnek Olay, Gösterip Yaptırma |
| 6 | FASTA ve Genbank dosya formatları | -omik veri tabanlarına erişim ve veri elde etme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Örnek Olay, Grup Çalışması |
| 7 | BLAST ve Dizi Hizalama Teknikleri | Veri tabanlarına erişim ve elde edilen verileri değerlendirme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma |
| 8 | Ara Sınav | Önceki konuların tekrarları | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım |
| 9 | Veteriner hekimliğinde biyoinformatik araçların kullanımı | Klinik biyoinformatik alanında makale inceleme, örnek olay ve grup çalışması ile bilgi pekiştirme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Grup Çalışması, Beyin Fırtınası |
| 10 | Pet hayvanları gen veri tabanları | Veri tabanlarına erişim, örnek olay ve grup çalışması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma |
| 11 | OMIM veri tabanı | OMIM veri tabanına erişim, kalıtsal hastalıklar hakkında temel bilgileri inceleme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma |
| 12 | Çiftlik hayvanları gen veri tabanları | Biyoinformatik araçları kullanarak çiftlik hayvanlarına ait -omik verilerine ulaşıp inceleme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma |
| 13 | Kanatlı hayvan gen veri tabanları | Biyoinformatik araçları kullanarak kanatlı hayvanlara ait -omik verilerine ulaşıp inceleme | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Gösterip Yaptırma |
| 14 | Omik veri tabanları ve hassas veteriner tıbbı | Hassas tıp kavramlarını anlama ve kalıtsal hastalıklar açısından omik veri tabanlı grup çalışmaları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Beyin Fırtınası |
| 15 | Yapay zeka araçlarının biyoinformatikte kullanımı | Güncel yapay zeka uygulamalarını biyoinformatik amaçlı kullanmak için odak grup çalışmaları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösterip Yaptırma, Tartışma |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Önceki konuların tekrarları | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Önceki konuların tekrarları | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 2 | 28 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 4 | 56 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 1 | 10 | 10 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 2 | 2 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 4 | 4 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 100 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 4,00 | ||
| AKTS | 4 AKTS | ||