TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | VTS142 |
| Ad | Temel Biyoinformatik |
| Dönem | 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | 2. Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 2-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 4 AKTS |
| Yerel Kredi | 2 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Lisans Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Dr. Öğr. Üyesi SİNAN KANDIR |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Güncel dönem ders programı henüz yapılmamıştır. |
Dersin Amacı / Hedefi
Biyoloji veri bankalarından gelen bilginin anlaşılır ve organize hale getirilmesi için kullanılan tekniklerin anlaşılmasının sağlanması amaçlanmaktadır.
Dersin İçeriği
Biyoinformatik kavramı ve kullanım alanları, bilgi kuramı, bilginin toplanması, işlenmesi ve paylaşılması, veri bankası oluşturma ve kullanımı, protein ve nükleotid veri tabanlarının incelenmesi, primer dizaynı, nükleotid ve protein dizi analiz sonuçlarının değerlendirilmesi, biyoinformatiğin veteriner hekimliğinde kullanım alanları.
Dersin Ön Koşulu
Bulunmamaktadır
Kaynaklar
Introduction to Bioinformatics, Arthur M. Lesk, Oxford University Press, New York, 2002. Bioinformatics : A Practical Approach, Shui Qing Ye, Chapman and Hall/CRC, London, 2007. Bioinformatics, ed. Jonathan M. Keith, Humana press, London, 2008.
Notlar
İlgili literatür, ders notları, sunular ve konu ile ilgili video görseller.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Biyoinformatiğin temel kavramlarını öğrenir |
| ÖÇ02 | Biyoinformatik araçlar ve veri tabanları hakkında bilgi sahibi olur. |
| ÖÇ03 | Veteriner Hekimliğinde biyoinformatiğin kullanım alanlarını öğrenir |
| ÖÇ04 | Ders öğrenme çıktısı 1 |
| ÖÇ05 | Ders öğrenme çıktısı 2 |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan türleri ve ırklarını, yapısal (morfolojik), işlevsel (fizyolojik, biyokimyasal) ve davranış özellikleri bakımından tanır. | |
| PÖÇ02 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Klinikte muayene, operasyon vb uygulamaları topografik anatomiye göre değerlendirerek hastaya doğru yaklaşım alanını belirler. | |
| PÖÇ03 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanına özgü sorunlara bilimsel veriler/kanıtlar doğrultusunda çözüm üretir. | |
| PÖÇ04 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Mesleki yetenek ve yetkilerinden yola çıkarak toplumsal bilinçle sosyal projeler ve planları hayata geçirir. | |
| PÖÇ05 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Yetki ve sorumlulukların farkında olarak mesleğini icra etme bilincine sahip olur. | |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Canlıların yapı taşlarını, hücresel düzeydeki bileşenlerini ve vücutta oluşan kimyasal süreçleri bilir. | |
| PÖÇ07 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Elde edilen bilgileri neden-sonuç ilişkileriyle değerlendirerek teşhis süreçlerinde biyokimyasal süreçleri kullanmayı gerçekleştirir. | |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Veteriner Hekimlik mesleğinin etik değerlerine sahip olmak ve bu değerleri savunma becerisini gösterir. | |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Kendi mesleki alanında bilimsel bilgiyi üretme ve kullanıma sokma metotlarını kavrar. | |
| PÖÇ10 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | İlaçların kaynaklarını, fiziksel ve kimyasal özellikleri ile hazırlanışlarını bilir. | |
| PÖÇ11 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | İlaçların hastalar üzerindeki etkilerini ve yan etkilerini bilir. | 1 |
| PÖÇ12 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | İlaçları mevzuata uygun olarak reçete eder ve uygular. | |
| PÖÇ13 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvanlarda zehirlenmelerin tanı ve genel tedavi ilkelerini uygular. | |
| PÖÇ14 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan hastalıklarının genel tanı ve tedavi protokollerini bilir. | |
| PÖÇ15 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Bulaşıcı hastalıkların kontrolü amacıyla biyogüvenlik dâhil gerekli önlemleri uygular. | |
| PÖÇ16 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Zoonoz ve ihbarı mecburi hastalıkları klinik olarak tanır ve uygun önlemleri almayı bilir. | |
| PÖÇ17 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Ölü hayvanlarda sistematik nekropsi yapar, bulguları değerlendirir, dokuları saklama yöntemlerini bilir ve gerekli laboratuvarlara yönlendirir. | |
| PÖÇ18 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan hastalıklarının oluşum mekanizmalarını ve vücutta meydana getirdiği patolojik etkileri bilir. | 3 |
| PÖÇ19 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Farklı hayvan türlerinde cerrahi hastalıkların tanı, korunma, tedavi ve operasyon yöntemlerini belirler. | |
| PÖÇ20 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan türlerinde cerrahi hastalıkların başlıca tedavi yöntemlerini kullanır. Post operatif süreçte hastaların değerlendirme ve izlemini yapar. | 5 |
| PÖÇ21 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan türlerine göre güvenli bir şekilde sedasyon ve anestezi yöntemlerini bilir ve uygular. | |
| PÖÇ22 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Ağrıyı yönetiminin yöntemlerini bilir ve uygular. | |
| PÖÇ23 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Klinik ile laboratuvar ekipmanlarının ve giysilerinin sterilizasyonu gibi biyogüvenlik prensiplerini doğru şekilde uygular. | |
| PÖÇ24 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvan ırkları arasında verim değerlendirmeleri yapar, gerektiğinde ıslah çalışması yapabilecek düzeyde seleksiyon, melezleme ve suni tohumlama yapar. | |
| PÖÇ25 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Veteriner hizmetleri ile ilgili olgulara göre bilimsel teknik ve yöntemleri inceler ve sorunlara yönelik analiz veya yöntemsel sorumluluk alır. | |
| PÖÇ26 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Farklı hayvan türlerinde, hastalıkların klinik tanı ve tedavi protokollerini belirler. | |
| PÖÇ27 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | İnsan tüketimi için üretilen hayvansal gıdaların ve/veya bileşiminde hayvansal ürün bulunan gıdaların hijyenik üretim, imalat, tüketime sunuluş ve satışlarında yeterli teknoloji bilgiyi bilir. | |
| PÖÇ28 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Tüketime sunulan hayvansal gıda maddelerinin sağlık kontrolünü yapar. | |
| PÖÇ29 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Çevre ve veteriner halk sağlığı konularında duyarlılık kazanır. | |
| PÖÇ30 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Veteriner hizmetleri ile ilgili olarak güncellenen mevzuatları takip eder ve gerektiğinde kullanır. | |
| PÖÇ31 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Görüntüleme yöntemlerinin tanı koymadaki katkısını bilir. Radyasyon güvenliğini mevcut yönetmeliklere göre uygulayarak vakaya uygun bir muayene gerçekleştirir. | |
| PÖÇ32 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Acil vakalarda tüm hayvanlara müdahale eder ve ilk yardım yöntemlerini uygular. | |
| PÖÇ33 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan türüne göre bakım-besleme protokollerini hazırlar. | |
| PÖÇ34 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Evcil hayvanların fiziksel durumunu, refahını ve yetiştirme koşullarını değerlendirerek hayvan sahiplerine yetiştirme ilkeleri ve ıslah hakkında bilgi verir. | |
| PÖÇ35 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Mesleki gelişim ve yeteneklerini sürdürmek için yaşam boyu öğrenme ve eğitim yöntemlerini bilir. | |
| PÖÇ36 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Mesleki etik ve deontoloji kuralları çerçevesinde diğer meslektaşları ile işbirliği içinde çalışma bilinci kazanır. | |
| PÖÇ37 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Hasta sahipleri, toplum, meslektaşlar ve ilgili makamlarla uygun bir dil kullanarak uygun bir şekilde iletişim kurma yeteneği kazanır. | |
| PÖÇ38 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Veteriner hekimliği ve ilgili diğer bilim alanlarında yayınlanan makale ve sunumları bağımsız olarak anlar ve yorumlar. | |
| PÖÇ39 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Gerekli durumlarda uygun yöntemler kullanarak ve hayvan sahiplerinin duygularına saygılı bir şekilde ötenazi yapar. | |
| PÖÇ40 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Ölü hayvan materyali, doku örneği, tıbbi ve kimyasal atıkların uygun şekilde bertaraf edilmesinin yollarını bilir. | |
| PÖÇ41 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Hayvan hastalıklarının laboratuvar sonuçlarını değerlendirir, elde ettiği verilere dayalı olarak doğru tanı, teşhis ve tedavi metotlarını uygular. | |
| PÖÇ42 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Klinik ve hasta kayıtlarını düzgün ve bilimsel yöntemlerle tutmayı bilir. | |
| PÖÇ43 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Gerektiğinde mesleki düzeyde toplum ve ilgili kurumlar tarafından anlaşılabilir bir biçimde vaka ve nekropsi raporları hazırlamayı becerir. | |
| PÖÇ44 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Temel hekimlik ilkelerini gözeterek hayvansal üretim yapan işletmeleri yönetme yöntemlerini ve uygun yönetim planlarını yapmayı bilir. | |
| PÖÇ45 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Veteriner hekimlerin içinde bulunduğu ekonomik, sosyokültürel ve duygusal koşulları anlar, kendini bu koşullara göre konumlandırır. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatik kavramlar ve tarihçe | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap |
| 2 | Biyoinformatiğe giriş | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 3 | Biyoinformatik araçlar | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 4 | Biyoinformatik araçlar - veritabanları | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap |
| 5 | Literatür bilgisi ve genetik araçlar | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Örnek Olay |
| 6 | Veri toplama | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 7 | FASTA ve Genbank dosya formatları | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 8 | Ara Sınav | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım |
|
| 9 | Veteriner hekimliğinde biyoinformatik araçların kullanımı | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap, Anlatım |
| 10 | Pet hayvanları gen veri tabanları | İlgili kitap, makale, ders notu | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Gösterip Yaptırma |
| 11 | OMIM veri tabanı | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 12 | Çiftlik hayvanları gen veri tabanları | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 13 | Kanatlı hayvan gen veri tabanları | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 14 | Proteomik bilimine giriş | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap |
| 15 | Protein veri tabanları | İlgili kitaplar, makaleler ve ders notları | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi |
|
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Proje / Tasarım, Performans Değerlendirmesi |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 2 | 28 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 4 | 56 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 2 | 2 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 4 | 4 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 90 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 3,60 | ||
| AKTS | 4 AKTS | ||