TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Birim | FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ |
| ZOOTEKNİ (DR) | |
| Kod | ZO682 |
| Ad | Çiftlik Hayvanlarında Genom Analizleri |
| Dönem | 2025-2026 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Güz |
| Süre (T+U) | 3-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Doç. Dr. Mervan BAYRAKTAR |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Güncel dönem ders programı henüz yapılmamıştır.
|
Dersin Amacı / Hedefi
Bu doktora dersi, zootekni alanında çalışan araştırmacıların çiftlik hayvanlarına ait genom verilerini üretme, işleme ve yorumlama konusunda ileri düzey bilgi ve beceri kazanmalarını amaçlar. Öğrenciler modern sekanslama teknolojilerinden başlayarak biyoinformatik analiz, genom çapında ilişkili SNP belirleme, seçilim imzalarının tespiti ve fonksiyonel anotasyon adımlarına kadar bütünsel bir bakış açısı geliştirecek; elde ettikleri bulguları sürdürülebilir hayvancılık uygulamalarına entegre edebileceklerdir.
Dersin İçeriği
“Çiftlik Hayvanlarında Genom Analizleri” doktora düzeyinde tasarlanmış, zootekni alanındaki araştırmacılara hayvan genomik verilerini üretme, işleme ve yorumlama konusunda bütüncül bir bakış açısı kazandırmayı hedefleyen bir derstir. Ders, gen–özellik ilişkisinden başlayarak genomik çalışmaların evrimini ele alır ve genomların organizasyonu ile yapısına dair temel kavramları pekiştirir. Modern sekanslama teknolojileri, uluslararası veri bankalarının etkin kullanımı ve yeni nesil dizileme (NGS) iş akışları ayrıntılı biçimde incelenir. Öğrenciler, biyoenformatik araçlarla ham dizilim verilerini filtreleme, hizalama, varyant çağrımı ve kalite kontrol adımlarını uygulamalı olarak öğrenir. Bunu takiben, genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) ve seçilim imzalarının belirlenmesine yönelik ileri istatistiksel yaklaşımlar tanıtılır. Dersin ilerleyen haftalarında gen zenginleştirme ve yolak analizleri aracılığıyla biyolojik anlamlandırma süreçleri ele alınır; elde edilen bulguların sürdürülebilir hayvancılık uygulamalarına aktarılmasında etik, ekonomik ve çevresel boyutlar tartışılır. Program, teorik anlatımları laboratuvar uygulamaları ve literatür seminerleriyle bütünleştirerek, öğrencilerin projelerini bağımsız biçimde tasarlayıp yönetebilecek yetkinliğe ulaşmalarını sağlar.
Dersin Ön Koşulu
Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması
Kaynaklar
Mondal, S., & Singh, R. L. (Eds.). (2020). Advances in animal genomics. Academic Press.
Notlar
Mondal, S., & Singh, R. L. (Eds.). (2020). Advances in animal genomics. Academic Press.
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Çiftlik hayvanlarına ait yeni nesil dizileme (NGS) verilerini kalite kontrolünden varyant çağrımına kadar uçtan uca analiz edebilir. |
| ÖÇ02 | Genom çapında ilişkilendirme çalışmaları (GWAS) ve seçilim imzası analizlerini tasarlayarak ekonomik açıdan önemli lokusları belirleyebilir. |
| ÖÇ03 | Biyoenformatik araçları kullanarak gen zenginleştirme ve yolak analizleri gerçekleştirebilir, elde edilen sonuçları biyolojik olarak yorumlayabilir. |
| ÖÇ04 | Genomik verileri sürdürülebilir hayvancılık programlarına entegre ederken etik, çevresel ve ekonomik boyutları değerlendirebilir. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Lisans eğitimi sonrası, hayvan yetiştirme ve ıslahı, yemler ve hayvan besleme, biyometri ve genetik bilim dallarından birinde bilgi birikimini artırır | 2 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Farklı disiplinler arasındaki etkileşimi kavrar | 3 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Zootekni bilim alanı için stratejik yaklaşımlar geliştirebilme ve bölgesel, ulusal ya da uluslararası çözüm üreteilme becerisini kazanır | |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Zootekni bilimindeki verileri kullanarak bilimsel yöntemlerle bilgiyi geliştirebilme, bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk bilinci ile bu bilgileri kullanabilme becerisini kazanır | |
| PÖÇ05 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Zootekni bilim alanının gerektirdiği bilgisayar yazılım ve donanım bilgisi ile bilişim teknolejilerini kullanabilme ve geliştirebilme becerisini kazanır | |
| PÖÇ06 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Kendi çalışmalarını ya da Zootekni bilim alanındaki güncel gelişmeleri alanındaki veya diğer bilim alanlarındaki gruplara yazılı, sözlü ve görsel olarak aktarabilme becerisini kazanır | |
| PÖÇ07 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvansal ürünlerin kalite süreçlerini değerlendirme becerisini kazanır | 3 |
| PÖÇ08 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvansal üretimin, değişen ekonomik ve toplumsal koşullara uygun şekilde dinamik kalmasını sağlayacak yeteneği kazanır | |
| PÖÇ09 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Ulusal ve uluslararası güncel sorunları takip edebilme, yaşam boyu öğrenme, bilim ve teknoloji alanındaki gelişmeleri izleyebilme, kendini sürekli olarak yenileyebilme ve yenilikleri hayvansal üretime aktarabilme becerisini kazanır | 2 |
| PÖÇ10 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Hayvansal ürünler ile insan sağlığı ve toplum refahı arasındaki ilişkiyi özümser |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Giriş | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 2 | Genden Genomik Çalışmalara | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 3 | Genomik Analizlere Genel Bakış | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 4 | Genomların Organizasyonu ve Yapısı | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 5 | Sekanslama Teknolojileri | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 6 | Hayvanlara ait Veri Bankaları | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 7 | NGS Çalışmaları ve Temel Biyoinformatik Araçlar I | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 8 | Ara Sınavlar | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev |
| 9 | NGS Çalışmaları ve Temel Biyoinformatik Araçlar II | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 10 | Genom Çapında İlişkilendirme Çalışmaları (GWAS) I | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 11 | Genom Çapında İlişkilendirme Çalışmaları (GWAS) II | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 12 | Genetik İmzalama I | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 13 | Genetik İmzalama II | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 14 | Gen Zenginleştirme ve Yolak Analizi | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 15 | Sürdürülebilir Hayvancılık İçin Genomik Etik ve Gelecek Perspektifleri | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Dersle ilgili kaynakların internet üzerinden taranması | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 5 | 70 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 15 | 15 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 30 | 30 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 157 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,28 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||