TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Birim | SAĞLIK BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ |
| TRANSLASYONEL TIP (İNGİLİZCE) | |
| Kod | Trans634 |
| Ad | 3D Organoid Techniques |
| Dönem | 2025-2026 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Güz ve Bahar |
| Süre (T+U) | 1-6 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 8 AKTS |
| Yerel Kredi | 4 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | İngilizce |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Dr. Öğr. Üyesi ÖZGECAN KAYALAR |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Dr. Öğr. Üyesi ÖZGECAN KAYALAR
(Bahar)
(A Grubu)
(Sor. Öğr. Ele.)
|
Dersin Amacı / Hedefi
Bu dersin amacı, öğrencilere modern biyoteknolojinin en güçlü araçlarından biri olan 3D organoid sistemlerinin teorik temellerini ve pratik uygulama alanlarını öğretmektir. Ders, kök hücrelerin öz-düzenlenme (self-organization) mekanizmalarını, biyomühendislik yöntemlerini ve bu modellerin hastalık modelleme ile kişiselleştirilmiş tıp süreçlerindeki kritik rolünü kavramayı hedefler.
Dersin İçeriği
Hücre kültürü tarihçesi, 2D ve 3D sistemlerin karşılaştırılması, pluripotent ve yetişkin kök hücre biyolojisi, ekstraselüler matriks (ECM) etkileşimleri, biyomalzeme mühendisliği, mikroakışkan sistemler (Organ-on-a-chip), dokuya özgü organoid protokolleri (beyin, bağırsak, akciğer, mide vb.), ileri görüntüleme teknikleri ve diğer analiz yöntemlerini kapsamaktadır.
Dersin Ön Koşulu
Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak
Kaynaklar
Güncel yayınlar, web siteleri, güncel kitaplar, konuyla ilişkili güncel literatürler
Notlar
Güncel yayınlar
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | 2D ve 3D hücre kültürü sistemleri arasındaki biyolojik ve mekanik farkları analiz eder |
| ÖÇ02 | Kök hücrelerin organoid oluşumu sırasındaki öz-düzenlenme (self-organization) süreçlerini açıklar |
| ÖÇ03 | Farklı organ sistemleri için özelleşmiş 3D kültür protokollerini ve büyüme faktörü gereksinimlerini belirler |
| ÖÇ04 | Biyomalzemelerin ve biyoreaktörlerin organoid olgunlaşması üzerindeki etkisini değerlendirir |
| ÖÇ05 | Organoid teknolojisinin ilaç geliştirme ve toksisite testlerindeki uygulama yöntemlerini kavrar |
| ÖÇ06 | İleri görüntüleme (confocal/light-sheet) ve analiz yöntemlerini organoid verilerine uygular |
| ÖÇ07 | Organoid araştırmalarının etik boyutlarını (donör hakları vb.) eleştirel bir bakışla tartışır |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve translasyonel tıp alanında yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır. | 1 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıbbın ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar; özgün ve yeni fikirleri analiz, sentez eder, değerlendirir. | |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, cihaz ve aletlerin kullanımını açıklar. | |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp alanına yönelik yapılan çalışmalarda sürekli olarak kullanılan bir araç olarak istatistik yöntemleri tanımlar, ilgili yazılımları etkili kullanır. | |
| PÖÇ05 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp ile ilgili çalışmalarda kuramsal ve uygulamalı bilgilerini üst düzeyde kullanır. | |
| PÖÇ06 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıbba yenilik getiren, yeni bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulama geliştirir ya da bilinen bir düşünce, yöntem, tasarım ve/veya uygulamayı farklı bir alana uygular, özgün bir konuyu araştırır, kavrar, tasarlar, uyarlar. | |
| PÖÇ07 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar. | |
| PÖÇ08 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp ve ilişkili olduğu disiplinler ile ilgili bilgi ve teknolojinin gerektirdiği araç, gereç ve aletleri ileri düzeyde kullanarak gerekli incelemeyi yapar, problemlere yeni yaratıcı çözümler (alet, yöntem, tedavi, ilaç) geliştirir. | |
| PÖÇ09 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Translasyonel Tıp alanındaki istatistik yazılımlarını etkin kullanır, istatistiksel yöntemleri doğru seçer, doğru hesaplar ve doğru yorumlar. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Translasyonel Tıp laboratuvarlarının düzenini sürdürür ve laboratuvarda çalışma saatlerinde öngörülmeyen karmaşık durumlarla karşılaşılması halinde çözüm önerileri geliştirir. | 4 |
| PÖÇ11 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Translasyonel tıp ve ilişkili alanlardaki çalışmaları bağımsız veya ekip olarak yürütür. | 4 |
| PÖÇ12 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Yaptığı / katıldığı araştırmanın raporunu yazar ve ulusal/uluslar arası kabul görmüş hakemli bir dergide (SCI, SCI-Expanded, SSCI, or AHCI) kapsamında) yayınlar ve bilimsel toplantılarda sunar. | |
| PÖÇ13 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Kanıta dayalı uygulamaları takip eder ve mesleki uygulamalar ile translasyonel tıp alanında kanıt oluşturacak araştırmalar yapar ve toplumu bilgilendirmek üzere sunar. | 3 |
| PÖÇ14 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Translasyonel Tıp alanı ile ilgili ileri düzeyde mesleki gelişim ve yaşam boyu öğrenme ilkelerini gerçekleştirdiği çalışmalarda uygular. | 2 |
| PÖÇ15 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Translasyonel Tıp alanında uzman veya uzman olmayan gruplarla güncel gelişme ve araştırmalar hakkında yazılı, sözlü ve görsel olarak nicel ve nitel verilerle de destekleyerek etkin bir iletişim kurar. | |
| PÖÇ16 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Translasyonel Tıp ile ilgili bir kavram, konu veya olgunun nasıl öğretilmesi gerektiğini öğrenir. | 2 |
| PÖÇ17 | Belirsiz | Akranlarıyla bir yabancı dili en az Avrupa dili portföyü B2 genel düzeyde kullanarak sözlü ve yazılı iletişim kurar. | |
| PÖÇ18 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Translasyonel tıp ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunur ve bu değerlerin gelişimini destekleyerek toplumsal strateji, uygulama planları ve kalite süreçlerinde kullanır. | |
| PÖÇ19 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Etik ilkelerin ve etik kurulların birey ve toplum için önemini bilir, etik davranır. | |
| PÖÇ20 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Toplumun translasyonel tıp konusunda farkındalığının artmasını sağlar. |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Hücre Kültürünün Evrimi: 2D'den 3D'ye Geçiş | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 2 | Kök Hücre Biyolojisi: Organoidlerin Hücresel Kaynakları | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 3 | Öz-Düzenlenme (Self-organization) Mekanizmaları ve Morfojenez İlkeleri | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 4 | Ekstraselüler Matriks (ECM) ve Hidrojeller | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 5 | 3D Kültür Teknikleri: Hanging Drop, Düşük Yapışmalı Plakalar, Destek Materyali İçinde ve Biyoreaktörler | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Deney / Laboratuvar, Alıştırma ve Uygulama |
| 6 | Biyomimik Arayüzeyler, Mikroakışkan Sistemler ve Organ-on-a-Chip Teknolojileri ile Entegrasyon | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama, Deney / Laboratuvar |
| 7 | Organoidlerde hücre canlılık, hücre sitotoksisite, forskolin uyarılan şişme testi, sil fonksiyon ve epiteliyal bariyer fonksiyonu analizleri | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama |
| 8 | Ara Sınavlar | Genel Tekrar | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Performans Değerlendirmesi, Ödev |
| 9 | Organoid Görüntüleme ve Analiz Teknikleri | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama |
| 10 | Epitelyal Organoidler: Akciğer Epiteliyal Organoidleri, Apikal-İçeri ve Apikal-dışarı organoidler | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama |
| 11 | Kanser Organoidleri-Tümoroidler | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Tartışma |
| 12 | Nöral Organoidler ve Nörolojik 3D hastalık Modelleri | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama |
| 13 | Bağırsak Organoidlerinin Modellenmesi ve Klonal Organoidlerin Geliştirilmesi | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 14 | Mide ve Pankreas Organoidleri ve 3D hastalık modelleri | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Soru-Cevap, Anlatım, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama |
| 15 | Ovaryum organoidleri ve 3D hastalık Modelleri | Hücre kültürü teknikleri dersini almış olmak veya hücre kültürüyle ilgili kanıtlanabilir bilgi ve yeterliliğe sahip olmak | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Genel Tekrar | Ölçme Yöntemleri: Sözlü Sınav, Yazılı Sınav, Ödev, Performans Değerlendirmesi |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Sözlü/Yazılı Sınav | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Sözlü Sınav, Ödev, Performans Değerlendirmesi |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 6 | 84 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 6 | 84 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 1 | 6 | 6 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 6 | 6 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 14 | 14 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 194 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 7,76 | ||
| AKTS | 8 AKTS | ||