TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Birim | FEN BİLİMLERİ ENSTİTÜSÜ |
| BİYOLOJİ (YL) | |
| Kod | BY782 |
| Ad | Posttranslasyonel Mekanizmalar |
| Dönem | 2026-2027 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Dönem | Güz |
| Süre (T+U) | 3-0 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 3 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | Türkçe |
| Seviye | Belirsiz |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Dr. Öğr. Üyesi ÖZGECAN KAYALAR |
| Dersin Öğretim Elemanı |
Güncel dönem ders programı henüz yapılmamıştır.
|
Dersin Amacı / Hedefi
Protein işlev ve kaderinin kontrol edilmesinde iş gören post-translasyonel mekanizmaların farklı organizasyon düzeyindeki canlılarda incelenmesi
Dersin İçeriği
Post-translasyonal modifikasyonlara giriş, tanımlar ve temel fonksiyonları; post-translasyonel modifikasyonların tipleri ve hücre sinyallenmesindeki rolleri; fosforilasyon tipleri ve protein fonksiyonları üzerine etkileri; ADP-ribosilasyonu ve protein fonksiyonları üzerine etkileri; metilasyon tipleri ve protein fonksiyonları üzerine etkileri; asetilasyon (Nα- and Nε-asetilasyon) tipleri ve protein fonksiyonları üzerine etkileri; glikolizasyon ve protein fonksiyonlarında şekerlerin rolü; lipidasyon ve protein fonksiyonlarında lipidlerin rolü; S-nitrozilasyon, S-sulfidrasyon, S-glutathionylation ve mekanizmaları; adenilasyon, uridilasyon ve metionin oksidasyonu; ubiquitinasyon ve mekanizmaları; ubiquitin benzeri modifikasyonlar ve mekanizmaları; hedefli proteoliz (proteazom) ve sinyal peptitlerinin çıkarılmasını içeren spesifik polipeptit bölünmesi mekanizmaları
Dersin Ön Koşulu
Yok
Kaynaklar
1. Post-Translational Modification of Proteins, Ed: Christoph Kannicht, Methods in Molecular Biology, Springer, 2019. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9055-9. 2. Computational Methods for Predicting Post-Translational Modification Sites, Methods in Molecular Biology, Ed: Dukka B. KC, ISBN: 9781071623190, Springer 2023. 3. Ying, S. (Ed.). (2021). Post-Translational Modifications in Cellular Functions and Diseases. IntechOpen. https://doi.org/10.5772/intechopen.91081.
Notlar
Güncel yayınlar, web siteleri, güncel kitaplar, konuyla ilişkili güncel literatürler
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Post-translasyonel modifikasyonların moleküler temellerini, protein çeşitliliği üzerindeki etkilerini ve temel biyolojik fonksiyonlarını açıklar |
| ÖÇ02 | Farklı PTM türlerinin hücre içi sinyal yollarındaki düzenleyici rollerini ve protein-protein etkileşimlerini nasıl kontrol ettiğini analiz eder. |
| ÖÇ03 | Fosforilasyon, metilasyon ve asetilasyon (Nα ve Nε) gibi temel modifikasyonların hangi amino asit yan zincirlerinde ve hangi enzimatik süreçlerle gerçekleştiğini kavrar. |
| ÖÇ04 | Glikolizasyon ve lipidasyon gibi modifikasyonların proteinlerin katlanması, membran lokalizasyonu ve stabilizasyonu üzerindeki kritik etkilerini yorumlar |
| ÖÇ05 | S-nitrozilasyon gibi redoks temelli değişimler ile adenilasyon ve oksidasyon süreçlerinin hücresel stres ve metabolizmadaki yerini değerlendirir. |
| ÖÇ06 | Ubiquitin ve ubiquitin-benzeri modifikasyonların enzim kaskadlarını (E1-E2-E3) ve protein yıkım/sinyal iletimi süreçlerindeki işlevlerini açıklar. |
| ÖÇ07 | Hedefli proteoliz mekanizmalarını (proteazom) ve sinyal peptidlerinin çıkarılması gibi proteini aktif hale getiren spesifik bölünme süreçlerini moleküler düzeyde açıklar. |
| ÖÇ08 | PTM süreçlerindeki bozuklukların (mutasyonlar, yanlış katlanma veya enzim aktivite değişimleri) kanser, kronik hastalıklar, nörodejeneratif hastalıklar ve metabolik bozuklukların patogenezindeki rolünü moleküler düzeyde analiz eder; güncel literatür verilerini kullanarak bu modifikasyonların terapötik hedef olma potansiyelini bilimsel bir çerçevede tartışır. |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Lisans düzeyi yeterliliklerine dayalı olarak, aynı veya farklı bir alanda bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar. | |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi teşhis eder | 2 |
| PÖÇ03 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Alanında edindiği bilgileri farklı disiplin alanlarından gelen bilgilerle bütünleştirerek yorumlar ve yeni bilgiler oluşturur. | 1 |
| PÖÇ04 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak yürütür. | 2 |
| PÖÇ05 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmesini yönlendirir. | 1 |
| PÖÇ06 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Alanındaki güncel gelişmeleri ve kendi çalışmalarını, nicel ve nitel veriler ile destekleyerek alanındaki ve alan dışındaki gruplara, yazılı, sözlü ve görsel olarak sistemli biçimde aktarır. | 2 |
| PÖÇ07 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Alanı ile ilgili verilerin toplanması, yorumlanması, uygulanması ve duyurulması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerleri gözeterek denetler ve bu değerleri öğretir. | |
| PÖÇ08 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Alanında özümsedikleri bilgiyi, problem çözme ve/veya uygulama becerilerini, disiplinler arası çalışmalarda kullanır. | 3 |
| PÖÇ09 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Alanı ile ilgili konularda karşılaşılan toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunların çözümüne katkıda bulunur ve bu değerlerin gelişimini destekler. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirir. | 2 |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | Post-translasyonal Modifikasyonlara giriş, tanımlar, temel fonksiyonları | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 2 | Post-translasyonel modifikasyonların tipleri ve hücre sinyallenmesindeki rolleri | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 3 | Fosforilasyon tipleri ve protein fonksiyonları üzerine etkileri | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 4 | ADP-ribosilasyonu ve protein fonksiyonları üzerine etkileri | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap |
| 5 | Asetilasyon (Nα- and Nε-asetilasyon) tipleri ve protein fonksiyonları üzerine etkileri | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap |
| 6 | Glikolizasyon ve protein fonksiyonlarında şekerlerin rolu | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap |
| 7 | Metilasyon tipleri ve protein fonksiyonları üzerine etkileri | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 8 | Ara Sınavlar | Genel tekrar | Ölçme Yöntemleri: Ödev, Sözlü Sınav, Yazılı Sınav, Performans Değerlendirmesi |
| 9 | Lipidasyon ve protein fonksiyonlarında lipidlerin rolü | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Beyin Fırtınası, Grup Çalışması |
| 10 | S-Nitrozilasyon , S-Sulfidrasyon, S-Glutathionylation ve mekanizmaları | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Grup Çalışması, Beyin Fırtınası |
| 11 | Adenilasyon, Uridilasyon ve Metionin Oksidasyonu | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Grup Çalışması, Beyin Fırtınası |
| 12 | Ubiquitinasyon ve mekanizmaları | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Grup Çalışması, Beyin Fırtınası |
| 13 | Ubiquitin benzeri modifikasyonlar ve mekanizmaları | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap, Grup Çalışması, Beyin Fırtınası |
| 14 | Translasyon uzama faktörlerinin benzersiz modifikasyonları (etanolamin fosfogliserol, diftamid ve hipusin bağlanması dahil) | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Grup Çalışması, Beyin Fırtınası |
| 15 | Hedefli proteoliz (Proteazom) ve Spesifik polipeptit bölünmesi (sinyal peptitlerinin çıkarılması) mekanizmaları | Güncel ders notları ve ilgili makalelerin okunması, internet araştırması | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Grup Çalışması, Beyin Fırtınası |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Genel tekrar | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Ödev, Performans Değerlendirmesi |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Yazılı sınav, ödev, performans değerlendirmesi | Ölçme Yöntemleri: Yazılı Sınav, Ödev, Performans Değerlendirmesi |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 3 | 42 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 5 | 70 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 15 | 15 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 30 | 30 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 157 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,28 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||