CEN410 Computational Biology and Advanced Topics

6 AKTS - 3-0 Süre (T+U)- 8. Yarıyıl- 3 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod CEN410
Ad Computational Biology and Advanced Topics
Dönem 2023-2024 Eğitim-Öğretim Yılı
Yarıyıl 8. Yarıyıl
Süre (T+U) 3-0 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 6 AKTS
Yerel Kredi 3 Yerel Kredi
Eğitim Dil İngilizce
Seviye Lisans Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Prof. Dr. RAMAZAN ÇOBAN
Dersin Öğretim Elemanı
Güncel dönem ders programı henüz yapılmamıştır.


Dersin Amacı / Hedefi

Protein dizilimleri ve diğer kompleks biyolojik sistemlerin bilgisayar tabanlı yöntemlerle analizinin yapılabilmesi

Dersin İçeriği

Temel Biyoloji, Dizilimlerin Eldesi, Dizilimlerin Hizalanması, Motiflerin Bulunması, Dinamik Programlama ile Hizalama,Moleküler Bilgisayarlar, Kompleks Biolojik Sistemlerin Analizine Giriş

Dersin Ön Koşulu

Yok

Kaynaklar

Computational Biology

Notlar

Computational Biology Advanced


Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Protein dizilimlerini kavramak
ÖÇ02 Dizilimlerin analizi için gerekli yöntemlerin kavranması
ÖÇ03 Dizilimlerdeki motiflerin elde edilebilmesi
ÖÇ04 Kompleks biyolojik sistemlerin analizi için kullanılabilecek yöntemlerin kavranması


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal 1. Matematik, fen bilimleri ve bilgisayarla ilgili mühendislik konularında yeterli altyapıya sahip olma; bu alanlardaki kuramsal bilgileri beraber kullanabilme 5
PÖÇ02 Bilgi - Kuramsal, Olgusal 2. Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analitik yöntemler ve modelleme tekniklerini seçme ve uygulama 3
PÖÇ03 Bilgi - Kuramsal, Olgusal 3. Karmaşık bir sistemi, sistem bileşenini ya da süreci analiz etme ve istenen gereksinimleri karşılamak üzere gerçekçi kısıtlar altında tasarlama becerisi; bu doğrultuda modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi
PÖÇ04 Bilgi - Kuramsal, Olgusal 4. Mühendislik uygulamaları için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin kullanma becerisi 2
PÖÇ05 Bilgi - Kuramsal, Olgusal 5. Karmaşık bilgisayar mühendisliği problemlerin çözümüne ilişkin deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi 1
PÖÇ06 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Bireysel olarak ve disiplin içi/çok disiplinli takımlarda etkin çalışabilme becerisi, sorumluluk alma ve özgüven 2
PÖÇ07 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Bilgiye erişebilme, kaynak araştırması yapabilme ve bilgi kaynaklarını kullanabilme becerisi
PÖÇ08 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi 4
PÖÇ09 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği 9. Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma, ve en az bir yabancı dilde teknik yayın okuyup anlayabilme, rapor hazırlama ve sunum yapma becerisi 5
PÖÇ10 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi 3
PÖÇ11 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği 11. Proje yönetimi, işyeri uygulamaları, çalışanların sağlığı, çevre ve iş güvenliği, ve mühendislik uygulamalarının hukuksal sonuçları hakkında farkındalık 2
PÖÇ12 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği 12. Mühendislik çözümlerinin ve uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlardaki etkileri, girişimcilik ve yenilikçilik, ve çağın sorunları hakkında bilgi sahibi olmak 1


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 Hesaplamalı Biyolojinin Tarihi İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
2 Temel Biyoloji İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
3 Hizalama ve İstatistik İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
4 Protein Hizalama Çalışması İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
5 Protein Özellikleri için Markov ve Gizli Markov Modelleri İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
6 Protein Yapısı İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
7 Motiflerin Eldesi için Yöntemler İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
8 Ara Sınav Ders notlarının tekrarı Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav
9 Protein yapısının tahmini İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
10 Proteinlerin Etkileşimleri İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
11 Düzenleyici Ağlar İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
12 Gen Düzenleyici Ağlar İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
13 Gen düzenlerinin karşılaştırılmalı analizi İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
14 Sentetik Biyoloji İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
15 İnsan Genetiği İlgili ünitenin okunması Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Ders notlarının tekrarı Öğretim Yöntemleri:
Anlatım
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Ders notlarının tekrarı Ölçme Yöntemleri:
Yazılı Sınav


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 3 42
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 5 70
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 0 0 0
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 15 15
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 30 30
Toplam İş Yükü (Saat) 157
Toplam İş Yükü / 25 (s) 6,28
AKTS 6 AKTS

Güncelleme Zamanı: 12.05.2023 11:49