TÜRKÇE
ENGLISH
Genel Bilgi
| Kod | BTE0016 |
| Ad | Applications of bioinformatics-II |
| Dönem | 2023-2024 Eğitim-Öğretim Yılı |
| Yarıyıl | . Yarıyıl |
| Süre (T+U) | 3-2 (T-U) (17 Hafta) |
| AKTS | 6 AKTS |
| Yerel Kredi | 4 Yerel Kredi |
| Eğitim Dil | İngilizce |
| Seviye | Doktora Dersi |
| Tür | Normal |
| Öğretim Şekli | Yüz Yüze Öğretim |
| Bilgi Paketi Koordinatörü | Doç. Dr. ATIL BİŞGİN |
Dersin Amacı / Hedefi
Lisansüstü öğrencilere moleküler genetik yöntemlerde biyoinformatik uygulamaları konusunda deneyim kazandırmak
Dersin İçeriği
Bu ders Biyoinformatik Uygulamaları- I dersinin devam niteliğinde olup lisanüstü öğrencilere yeni nesil dizileme sonucu elde edilen verilerin işlenmesi, analiz edilmesi ve doğru biyoinformatik araçların seçilmesine yönelik bilgi ve tecrübe kazandıracaktır.
Dersin Ön Koşulu
none
Kaynaklar
Bioinformtics related on Articles
Notlar
Bioinformtics related on Articles/Books
Dersin Öğrenme Çıktıları
| Sıra | Dersin Öğrenme Çıktıları |
|---|---|
| ÖÇ01 | Yeni Nesil Dizileme yöntemi hakkında bilgi sahibi olmak |
| ÖÇ02 | Yeni Nesil Dizileme sistemelerini tanımak |
| ÖÇ03 | Yeni Nesil Dizileme yöntemi çıktılarını yorumlamak |
| ÖÇ04 | DNA ve RNA düzeyindeki genetik değişimlerin biyoinformatik analizleri hakkında bilgi sahibi olmak |
| ÖÇ05 | Varyant kalite kontrolleri hakkında bilgi sahibi olmak |
| ÖÇ06 | Veri bankası, tahmin araçları vb tanımak |
| ÖÇ07 | Yeni Yeni Nesil Dizileme temel iş akışları hakkında bilgi sahibi olmak. |
| ÖÇ08 | Yeni Nesil Dizileme sistemelerinde kullanılan biyolojik materyalleri tanımak |
Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi
| Sıra | Tür | Program Öğrenme Çıktıları | Duzey |
|---|---|---|---|
| PÖÇ01 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Yüksek lisans yeterliliklerine dayalı olarak alanındaki güncel ve ileri düzeydeki bilgileri özgün düşünce ve/veya araştırma ile uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve alanına yenilik getirecek özgün tanımlara ulaşır. | 4 |
| PÖÇ02 | Bilgi - Kuramsal, Olgusal | Alanının ilişkili olduğu disiplinler arası etkileşimi kavrar; yeni ve karmaşık fikirleri analiz, sentez ve değerlendirmede uzmanlık gerektiren bilgileri kullanarak özgün sonuçlara ulaşır. | 3 |
| PÖÇ03 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Alanındaki yeni bilgileri sistematik bir yaklaşımla değerlendirir, kullanır ve aktarır. | |
| PÖÇ04 | Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı | Yeni ve karmaşık düşüncelerin eleştirel analizini, sentezini ve değerlendirmesini yapar. | 1 |
| PÖÇ05 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Özgün ve disiplinler arası sorunların çözümlenmesini gerektiren ortamlarda liderlik yapar. | |
| PÖÇ06 | Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği | Alanı ile ilgili en az bir bilimsel makaleyi ulusal ve/veya uluslar arası hakemli dergilerde yayınlayarak ve/veya özgün bir yapıt üreterek ya da yorumlayarak alanındaki bilginin sınırlarını genişletir. | |
| PÖÇ07 | Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği | Yaratıcı ve eleştirel düşünme, sorun çözme ve karar verme gibi üst düzey zihinsel süreçleri kullanarak alanı ile ilgili yeni düşünce ve yöntemler geliştirir. | |
| PÖÇ08 | Yetkinlikler - İletişim ve Sosyal Yetkinlik | Uzman kişiler ile alanındaki konuların tartışılmasında özgün görüşlerini savunur ve alanındaki yetkinliğini gösteren etkili bir iletişim kurar. | |
| PÖÇ09 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Ulusal ve uluslararası bilimsel araştırma gruplarında bilimsel araştırma yapar. | |
| PÖÇ10 | Yetkinlikler - Alana Özgü Yetkinlik | Alanı ile ilgili karşılaşılan sorunların çözümünde stratejik karar verme süreçlerini kullanarak işlevsel etkileşim kurar. | 1 |
Haftalık Akış
| Hafta | Konu | Ön Hazırlık | Yöntemler |
|---|---|---|---|
| 1 | YND ile trio analizler | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 2 | Herediter algoritmaları ile biyoinformatik analizler | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 3 | Somatik algoritmaları ile biyoinformatik analizler - 1: Taze dokudan tümörlü dokuya | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 4 | Somatik yolaklar ile biyoinformatik analizler -2: Hücre dışı serbest DNA | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 5 | Tüm ekzom analizlerinde varyant seçimi | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 6 | Tüm genom analizlerinde varyant seçimi-2 | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 7 | Klinik genetikte YND ve Veritabanlarının kullanımı | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri, Deney / Laboratuvar |
| 8 | Ara Sınavlar | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Ölçme Yöntemleri: Performans Değerlendirmesi |
| 9 | Verilerin saklanmasına ilişkin yasal süreçler | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 10 | Kişi veri güvenliği kapsamında genetik bilgilerin saklanması ve güvenliği | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma |
| 11 | Öğrenci sunumları | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 12 | Öğrenci sunumları-2 | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 13 | Öğrenci sunumları-3 | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 14 | Veri madenciliği ve kullanım alanları | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım |
| 15 | Klinik raporlama | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Öğretim Yöntemleri: Anlatım, Gösteri |
| 16 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
| 17 | Yarıyıl Sonu Sınavları | Ön hazırlık gerektirmemektedir | Ölçme Yöntemleri: Ödev |
Öğrenci İş Yükü - AKTS
| Çalışmalar | Sayısı | Süresi (Saat) | İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ders (Sınav haftaları dahil değildir) | 14 | 5 | 70 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) | 14 | 5 | 70 |
| Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar | |||
| Ödev, Proje, Diğer | 0 | 0 | 0 |
| Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) | 1 | 5 | 5 |
| Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı | 1 | 15 | 15 |
| Toplam İş Yükü (Saat) | 160 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (s) | 6,40 | ||
| AKTS | 6 AKTS | ||