ST0030 Uygulamalı Numerik Ekoloji-1

6 AKTS - 2-2 Süre (T+U)- . Yarıyıl- 3 Yerel Kredi

Genel Bilgi

Kod ST0030
Ad Uygulamalı Numerik Ekoloji-1
Dönem 2024-2025 Eğitim-Öğretim Yılı
Dönem Bahar
Süre (T+U) 2-2 (T-U) (17 Hafta)
AKTS 6 AKTS
Yerel Kredi 3 Yerel Kredi
Eğitim Dil Türkçe
Seviye Yüksek Lisans Dersi
Tür Normal
Öğretim Şekli Yüz Yüze Öğretim
Bilgi Paketi Koordinatörü Prof. Dr. SİNAN MAVRUK
Dersin Öğretim Elemanı
Güncel dönem ders programı henüz yapılmamıştır.


Dersin Amacı / Hedefi

Numerik ekoloji, komünitelerin ve tür topluluklarının ekolojisini sayısal metotlarla inceleyen alt disiplindir. Bu ders kapsamında komünitelerin yapısı, biyoçeşitliliği ve çevresel koşullarla ilişkilerini analiz etmek ve yorumlamak amacıyla kullanılan istatistiksel yöntemler ele alınacaktır. Yöntemlerin teorik arka planları ve varsayımlarına kısaca değindikten sonra, açık kaynaklı bir istatistiksel hesaplama ortamı olan R yazılımı ile “vegan” kütüphanesi ve “BiodiversityR” grafiksel kullanıcı ara yüzleri kullanılarak uygulamalar yapılacaktır. Derse katılmak için ekoloji, istatistik ve hipotez testleri hakkında temel düzeyde bilgi sahibi olmak yeterli olup, ihtiyaç duyulan R becerileri ders kapsamında aktarılacaktır.

Dersin İçeriği

Temel R kullanımı, komunite, tür toplulukları ve habitat kavramları, ekolojik verinin temel özellikleri, komunite ve çevresel koşullar matrislerinin oluşturulması, biyoçeşitlilik kavramı, zenginlik, düzenlilik, baskınlık ve nadirlik kavramları, tür kompozisyonunun benzerliği ve benzerlik matrisleri, benzerlik indeksleri, kümeleme analizleri, Simprof analizi, kısıtlanmamış ordinasyon teknikleri, temel bileşenler analizi (PCA), çok boyutlu ölçeklendirme analizi (MDS), metrik olmayan çok boyutlu ölçeklendirme analizi (NMDS), uyum analizi (CA), biyoçeşitlilik profilleri, indikatör türlerin belirlenmesi, baskın türler, karakteristik türler, rank-bolluk eğrileri, Simper analizi, tür toplulukları üzerinde etkili çevresel koşulların incelenmesi, Anosim, Permanova, kısıtlı ordinasyon teknikleri, redundancy analizi (RDA), kısıtlı uyum analizi (CCA), kısıtlı temel koordinatlar analizi (CAP), kısıtlı ordinasyon analizlerinde model seçimi, doğrulanması ve sonuçların sunulması

Dersin Ön Koşulu

Temel istatistik ve hipotez testleri üzerine ders almış olmak, genel ekoloji üzerine ders almış olmak.

Kaynaklar

Borcard D, Gillet F, Legendre P. 2011. Numerical Ecology with R. Kindt R, Coe R. 2005. Tree diversity analysis: A manual and software for common statistical methods for ecological and biodiversity studies. World Agroforestry Centre: Nairobi, Kenya. Magurran A. 2004. Measuring biological diversity. Odum EP, Barrett, GW, 2008. General Principles of Ecology.

Notlar

Clarke KR, Somerfield PJ, Gorley RN. 2008. Testing of null hypotheses in exploratory community analyses: similarity profiles and biota-environment linkage. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 366: 56–69.


Dersin Öğrenme Çıktıları

Sıra Dersin Öğrenme Çıktıları
ÖÇ01 Temel R kullanımı hakkında bilgi sahibi olur
ÖÇ02 Komunite ekolojisinin temel kavramları hakkında bilgi sahibi olur
ÖÇ03 Biyoçeşitlilik, zenginlik, baskınlık kavramlarını anlar ve sayısal olarak tanımlar
ÖÇ04 Tür kompozisyonunun benzerliğini inceleyerek tür topluluklarını tanımlar
ÖÇ05 Farklı kümeleme ve ordinasyon analizleri arasında seçim yapabilir ve bu analizleri uygulayabilir
ÖÇ06 Tür topluluklarını karakterize eden türleri sayısal metotlarla belirleyebilir
ÖÇ07 Tür topluluklarının değişimi üzerinde etkili çevresel koşulları inceleyebilir


Program Öğrenme Çıktıları ile İlişkisi

Sıra Tür Program Öğrenme Çıktıları Duzey
PÖÇ01 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanındaki kuramsal ve uygulamalı bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir ve derinleştirir. 3
PÖÇ02 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili disiplinler arası etkileşimleri kavrar. 4
PÖÇ03 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Su Ürünleri Temel Bilimlerinde uzmanlaştığı alan ile ilgili stratejileri belirler; yöntem ve teknikleri ölçme ve değerlendirme bilgisine sahip olur. 2
PÖÇ04 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Su Ürünleri Temel Bilimlerinde uzmanlaştığı kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanarak, farklı disiplinler arası bilgileri sentezler, yorumlar, yeni bilgi ve teoriler üretir. 2
PÖÇ05 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanında veri toplar, sonuçları değerlendirir; araştırma yöntemlerini kullanarak, neden-sonuç ilişkisi kurup, sorunlara çözüm önerileri geliştirir. 5
PÖÇ06 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili uzmanlık gerektiren bir çalışmayı bağımsız olarak planlar, projelendirir ve yürütür. 4
PÖÇ07 Bilgi - Kuramsal, Olgusal Uzmanlaştığı alan ile ilgili uygulamalarda ortaya çıkabilecek sorunların çözümü için bireysel veya ekip üyesi olarak yeni stratejik yaklaşımlar geliştirir, sorumluluk alarak çözüm üretir. 4
PÖÇ08 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili öğrenme gereksinimlerini belirler, kaynaklara ulaşır, bilgi ve becerileri eleştirel bir yaklaşımla değerlendirir ve öğrenmeyi yönlendirecek deneyim kazanır. 3
PÖÇ09 Beceriler - Bilişsel, Uygulamalı Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanında edindiği teorik ve uygulamalı bilgi ve becerilerle yaşam boyu öğrenmeye ilişkin olumlu tutum geliştirir ve toplum yararına kullanır.
PÖÇ10 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Su Ürünleri Temel Bilimler alanı ile ilgili gelişmeleri takip eder, çalışma ve araştırmalarını yazılı, sözlü ve görsel olarak aktarır; alanında toplumsal bilinç oluşumuna katkı sağlar.
PÖÇ11 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanı ile ilgili yazılı ve sözlü etkin iletişim kurar, seminer ve toplantıları izler, eleştirir. 3
PÖÇ12 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Yabancı dil bilgilerini kullanarak yurt dışı kaynaklı yayınları izler, sözlü ve yazılı iletişim kurar. 3
PÖÇ13 Yetkinlikler - Bağımsız Çalışabilme ve Sorumluluk Alabilme Yetkinliği Çalışma alanında gereksinim duyduğu bilgisayar yazılımı ile bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır. 5
PÖÇ14 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Uygulama alanı ile ilgili verilerin bilimsel yönden değerlendirilmesi ve yayınlanması aşamalarında toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik değerlere uygun hareket eder, denetler ve bu değerleri öğretir. 5
PÖÇ15 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Uzmanlaştığı Deniz Biyolojisi, İç Sular Biyolojisi veya Balıkçılıkta Temel Bilimler alanında bilimsel ve teknolojik gelişmeleri takip ederek strateji, politika ve uygulama planları geliştirir; elde ettiği sonuçları toplam kalite yönetimi süreçleri çerçevesinde toplum yararına değerlendirir ve yaygınlaştırır. 2
PÖÇ16 Yetkinlikler - Öğrenme Yetkinliği Yüksek lisans eğitimi sürecinde edindiği bilgi ve deneyimlerle, uygulama ve problem çözme becerilerini disiplinler arası çalışmalarda kullanır. 2


Haftalık Akış

Hafta Konu Ön Hazırlık Yöntemler
1 R ortamı ve grafiksel kullanıcı arayüzleri hakkında temel bilgiler Öğrenci bilgisayarına R terminali ile R Commander ve R Studio grafiksel kullanıcı ara yüzlerini yükleyecektir. Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Problem Çözme, Alıştırma ve Uygulama
2 Komunite, tür toplulukları ve habitat kavramları Odum ve Barrett, 2008 sf 282-336 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Tartışma
3 Ekolojik verinin temel özellikleri, komunite ve çevresel koşullar matrislerinin oluşturulması Kindt ve Coe, 2005 sf 19-39; Borcard ve ark., 2011 sf 1-53 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme
4 Zenginlik, çeşitlilik, düzenlilik ve baskınlık Kindt ve Coe, 2005 sf 39-71; Magurran, 2005 -sf 1-17 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme
5 Tür kompozisyonunun benzerliği ve benzerlik matrisleri Kindt ve Coe, 2005 sf 123-139 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme
6 Tür topluluklarının kümeleme analizleri ve Simprof analizi ile tanımlanması Kindt ve Coe, 2005 sf 139-153; Borcard ve ark., 2011 sf 53-115, Clarke ve ark., 2008 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Soru-Cevap, Alıştırma ve Uygulama, Problem Çözme, Proje Temelli Öğrenme
7 Tür topluluklarının kısıtlanmamış ordinasyon analizleri ile tanımlanması (PCA, NMDS, CA) Kindt ve Coe, 2005 sf 153-171; Borcard ve ark., 2011 sf 115-149 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Problem Çözme, Bireysel Çalışma
8 Ara Sınavlar Ölçme Yöntemleri:
Ödev
9 Tür topluluklarının karakteristik özellikleri (çeşitlilik profilleri) Kindt ve Coe, 2005 sf 39-71 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Problem Çözme, Bireysel Çalışma
10 Baskın ve karakteristik türlerin belirlenmesi (Rank-bolluk eğrileri, Simper analizi) Kindt ve Coe, 2005 sf 39-71; Magurran, 2005 sf 18-71 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Problem Çözme
11 Tür toplulukları üzerinde etkili çevresel koşulların incelenmesi (Anosim, Permanova) Kindt ve Coe, 2005 sf 171-196; Borcard ve ark., 2011 sf 153-224 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Problem Çözme
12 Tür toplulukları üzerinde etkili çevresel koşulların incelenmesi – kısıtlı ordinasyon analizleri (RDA, CCA, CAP) Kindt ve Coe, 2005 sf 171-196; Borcard ve ark., 2011 sf 153-224 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Proje Temelli Öğrenme , Problem Çözme
13 Kısıtlı ordinasyon analizlerinde model seçimi, doğrulanması ve sonuçların sunulması Borcard ve ark., 2011 sf 153-224 Öğretim Yöntemleri:
Anlatım, Problem Çözme
14 Örnek Uygulama-1 Örnek veri bulunacaktır Öğretim Yöntemleri:
Proje Temelli Öğrenme
15 Örnek Uygulama-2 Örnek veri bulunacaktır Öğretim Yöntemleri:
Proje Temelli Öğrenme
16 Yarıyıl Sonu Sınavları Ölçme Yöntemleri:
Performans Değerlendirmesi
17 Yarıyıl Sonu Sınavları Ölçme Yöntemleri:
Performans Değerlendirmesi


Öğrenci İş Yükü - AKTS

Çalışmalar Sayısı Süresi (Saat) İş Yükü (Saat)
Ders ile İlgili Çalışmalar
Ders (Sınav haftaları dahil değildir) 14 4 56
Sınıf Dışı Ders Çalışma (Ön çalışma, pekiştirme) 14 4 56
Değerlendirmeler ile İlgili Çalışmalar
Ödev, Proje, Diğer 1 2 2
Ara Sınavlar (Yazılı, Sözlü, vs.) 1 12 12
Yarıyıl/Yıl Sonu/Final Sınavı 1 28 28
Toplam İş Yükü (Saat) 154
Toplam İş Yükü / 25 (s) 6,16
AKTS 6 AKTS

Güncelleme Zamanı: 16.05.2024 03:38